La Facultad de Filosofía cuenta con dos programas de doctorado vigentes y varios en extinción.
EL Doctorado en Lógica y Filosofía de la Ciencia es un doctorado interuniversitario en el que participan algunos profesores del área de Lógica y Filosofía de la Ciencia de la ULL.
El Doctorado en Filosofía, Cultura y Sociedad es un doctorado en el que participan todos los profesores de la Facultad de Filosofía de la ULL, junto con otros profesores de Sociología y Antropología. Este doctorado cuenta con Mención hacia la Excelencia desde el curso 2011-12.
En la actualidad, está en preparación un nuevo programa ineruniversitario en Filosofía, que entrará en vigor en el curso 2013-14.