Genética Evolutiva y de la Conservación
(Curso Académico 2019 - 2020)

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• E19 - Capacidad para impulsar innovaciones en el campo de la educación medioambiental relacionadas con la biodiversidad marina y su conservación.
• E18 - Capacidad para organizar y gestionar parques y museos relacionados con la biodiversidad marina y su conservación.
• E14 - Capacidad para evaluar y gestionar áreas marinas naturales, y diseñar reservas marinas, teniendo en cuenta los principios de la biogeografía insular.
• E13 - Capacidad para elaborar y desarrollar proyectos de investigación en el ámbito de la biodiversidad marina y su conservación, incluyendo proyectos de restauración ecológica y planes de recuperación de especies marinas.
• E12 - Capacidad para proponer acciones frente a problemas de conservación.
• E11 - Capacidad para reconocer especies marinas invasoras, saber impulsar estrategias de control y erradicación, y proponer soluciones a los problemas ambientales que ocasionan.
• E10 - Capacidad para categorizar, realizar seguimientos de especies marinas amenazadas y evaluar sus poblaciones.
• E9 - Capacidad para valorar la vulnerabilidad de la biota marina.
• E8 - Capacidad para evaluar el estado de conservación de la biota marina, e identificar y realizar el seguimiento de las causas que afectan a su conservación.
• E5 - Capacidad para estimar y cuantificar la diversidad poblacional e interespecífica.
• E4 - Capacidad para desarrollar y asesorar en la realización de estudios y trabajos prácticos sobre biodiversidad marina y su conservación.
• E3 - Capacidad para seleccionar y aplicar las técnicas instrumentales y de análisis más adecuadas para abordar el estudio del medio marino, su biodiversidad y su conservación.
• E2 - Capacidad para realizar muestreos, inventariar y analizar poblaciones y comunidades, y diseñar experimentos relacionados con la biodiversidad y su conservación.
• E1 - Capacidad para identificar, categorizar y clasificar organismos marinos vivos y las poblaciones y comunidades que constituyen.

• CG1 - Conocer científicamente la estructura y función de los ecosistemas marinos, de los factores que potencialmente pueden afectarlos y de las técnicas de detección, evaluación, prevención y corrección de los impactos generados en el medio.
• CG2 - Adquirir capacidades para aplicar e integrar conocimientos científicos amplios y multidisciplinares de la biodiversidad, conservación y gestión del medio marino.
• CG3 - Adquirir capacidades prácticas específicas en el campo de la biodiversidad marina y conservación (por ejemplo, diseñar un plan de muestreo o evaluar un impacto ambiental), que permitan la resolución de problemas en entornos tanto conocidos como nuevos, enfrentarse a la complejidad de problemas multidisciplinares y formular juicios a partir de información fragmentaria, incompleta o limitada.
• CG4 - Adquirir conocimientos sobre diversas actividades y su impacto en relación al desarrollo sostenible del medio marino, que permitirán el desarrollo de la capacidad para hacer reflexiones sobre las implicaciones sociales o éticas vinculadas a las decisiones que deben tomar sobre la evaluación del impacto de las actividades humanas sobre el ecosistema costero.
• CG5 - Adquirir capacidades de acceder de forma autónoma a la literatura científica y a bases de datos existentes. Estas capacidades están íntimamente relacionadas con la adquisición de competencias para procesar la información y para generar nueva información de calidad y hacerla accesible a resto de la comunidad científica y a los responsables de tomar decisiones.
• CG6 - Adquirir capacidades para ocupar un trabajo como científico marino.
• CG7 - Adquirir capacidades para comunicar sus conocimientos y los resultados de su trabajo investigador a especialistas y no especialistas.
• CG8 - Adquirir en el futuro nuevos conocimientos y aprender nuevas técnicas de manera autónoma.
• CG9 - Adquirir capacidades de trabajar en equipo.

• OPT8 - Capacidad para aplicar análisis genéticos con el fin de determinar la diversidad genética o identificar
  unidades taxonómicas

• CB6 - Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación.
• CB7 - Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio.
• CB8 - Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios.
• CB9 - Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones ¿y los conocimientos y razones últimas que las sustentan¿ a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades.
• CB10 - Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo.

- Profesor: Mariano Hernández Ferrer y Rosa Irene Fregel Lorenzo
- Tema 0: Introducción a la Genética de la Conservación. Aplicaciones y ejemplos. (B. Emerson)
- Tema 1: Técnicas y marcadores moleculares para el estudio de la variabilidad Genética: PCR-RFLP, SCARs, AFLPs, SSR, Secuenciación de Sanger, Secuenciación masiva, Rad-seq. Características análisis y aplicaciones.
- Tema 2: Conceptos básicos de Genética de Poblaciones. Poblaciones de pequeño tamaño. Pérdida de diversidad genética. Inbreeding. Deriva.
- Tema 3: Metapoblaciones y fragmentación. Estructura poblacional. Efecto Wahlund.  Estadísticos F. Diferenciación poblacional. AMOVA.
- Tema 4: Análisis de secuencias. Alineamientos múltiples. Test de neutralidad y expansión demográfica. Redes de haplotipos. Anális de mismatch pairwise differences.
- Tema 5: Filogenia Molecular. Conceptos básicos de filogenia. Genes ortólogos y parálogos. Homología, analogía y homoplasia. Monofilia, parafilia y polifilia.
- Tema 6: Métodos de inferencia filogenética y modelos de evolución. Fiabilidad y contraste de hipótesis filogenéticas. Árboles de distancia: Neighbor-Joining. Árboles basados en caracteres: Máxima verosimilitud y análisis bayesiano.

- Profesores: Mariano Hernández Ferrer

Prácticas de laboratorio: Estudio de la diversidad genética en una población natural mediante el uso de microsatélites.
Análisis y aplicaciones.

- Profesor: Mariano Hernández Ferrer y Rosa Irene Fregel Lorenzo

Prácticas de Aula de Informática:

- Análisis jerárquico de estructura poblacional y flujo génico entre poblaciones. Uso de programas habituaales en este tipo de análisis: DnaSP, GenAlex, ARLEQUIN, Network.
- Alineamiento de secuencias y construcción de árboles filogenético de distancia, máxima verosimilitud y bayesiano.

Seminario (Tema 0) por parte del Dr. Brent Emerson, IPNA, CSIC.
Para el resto de temas las presentaciones y bibliografía Prof. Mariano Hernández Ferrer y Rosa Irene Fregel Lorenzo

La metodología a utilizar consistirá en clases teóricas magistrales, además de clases prácticas en aula y laboratorio.

Actividades formativas	Horas presenciales	Horas de trabajo autónomo	Total horas	Relación con competencias
Clases teóricas	15,00	0,00	15,0	[E18], [E14], [E13], [E11], [E10], [E9], [E8], [E5], [E2], [E1], [CG1], [CG3], [CG4], [CG6], [OPT8]
Clases prácticas (aula / sala de demostraciones / prácticas laboratorio)	12,00	0,00	12,0	[CG3], [CG4], [CG9], [CB9]
Estudio/preparación de clases teóricas	0,00	20,00	20,0	[E18], [E14], [E13], [E11], [E9], [E8], [E5], [E2], [E1], [CG1], [CG3], [CG4], [CG6], [CG9], [OPT8]
Preparación de exámenes	1,00	12,00	13,0	[E18], [E14], [E13], [E11], [E9], [E8], [E5], [E2], [E1], [CG1], [CG3], [CG4], [CG6], [CG9], [OPT8]
Realización de exámenes	1,00	0,00	1,0	[E12], [E11], [E10], [E9], [E8], [E5], [E4], [E3], [E2], [E1], [CG1], [CG2], [CG3], [CG7], [OPT8], [CB9]
Realización de trabajos (individual/grupal)	1,00	13,00	14,0	[CB10], [CB8], [CB7], [CB6], [E19], [E12], [E4], [E3], [CG2], [CG5], [CG7], [CG8], [CB9]
Total horas
Total ECTS

Frankham, R., Ballou, J.D. & Briscoe D.A. Introduction to Conservation Genetics. 2010. Cambridge University Press; 2nd Ed.
Graur, D & Li, W-H. Fundamentals of Molecular Evolution. 2000. Sinauer Associates; 2nd Ed.
Lemey, P. Salemi, M & Vandamme A-M. The Phylogenetic Handbook: A
Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing.
2009. Cambridge University Press; 2nd Ed.

Bertorelle, G., Bruford, M. Hauffe, H. & Rizzoli, A. Population
Genetics for Animal Conservation (Conservation Biology). 2009.
Cambridge University Press; 1st Ed
Allendorf, F. and Luikart, G. Conservation and the Genetics of Populations. Wiley-Blackwell; 1st Ed. 
Hamilton, M. Population Genetics. 2009. Wiley-Blackwell; 1 Ed.
Hartl, D. Principles of Population Genetics. 2006. Sinauer Associates, Inc. 4th Ed.
Nei, M. & Kumar, S. Molecular Evolution and Phylogenetics. 2000. Oxford University Press, USA. 1st Ed
Artículos de las revistas: Molecular Ecology, Marine Biology, Trends in Ecology and Evolution, Molecular
Phylogenetics and Evolution, Evolution, entre otras.

TIC proporcionadas por la Universidad de La Laguna a través de la Unidad de Docencia Virtual y el entorno de campus virtual (http://campusvirtual.ull.es/).

1.- Convocatoria ordinaria:
El 60% de la calificación final lo constituye un examen teórico-práctico de preguntas de respuesta corta, test múltiple y cuestiones a resolver que cubrirán la totalidad de temas impartidos en las clases teórico-prácticas de la asignatura. Para superar la asignatura se exigirá que el alumno al menos obtenga una calificación de 5 sobre 10 puntos posibles en este examen. El resto de la evaluación continua de la asignatura la constituye:
- La exposición de un trabajo individualizado que consistirá en la realización de un estudio filogenético mediante los tres métodos explicados en la asignatura y las conclusiones que del mismo deriven. Este trabajo constituirá un 20% de la nota final. Con el trabajo se pretende valorar la destreza en el uso de los softwares adecuados y en la interpretación de las relaciones filogenéticas obtenidas. El profesor realizará algunas preguntas para poder valorar estos extremos.
- Propuesta de proyecto de investigación en el que usen la metodología y marcadores moleculares estudiados en las clases (10%).
- Valoración de la destreza técnica desarrollada en el laboratorio (5%).
- Asistencia y participación regular a todas las actividades de la asignatura; escala de actitudes (5%).
La asistencia a más de un 80% de las clases magistrales y la realización del 100% del resto de actividades de la asignatura será el requisito para tenerse en cuenta la evaluación continua. En caso de no cumplir con los requisitos o decidiera renunciar a la evaluación continua, lo que podrá hacer mediante escrito al coordinador de la asignatura antes del inicio del periodo de exámenes, dicha evaluación continua será valorada de la siguiente manera:
Para la calificación del trabajo individualizado será la que obtenga en un ejercicio \"caso práctico\" a realizar el mismo día del examen final mientras que las calificaciones del trabajo de diseño y metodología de marcadores y de prácticas de laboratorio será la que obtenga en un examen adicional, a realizar el mismo día del examen final, en el que mediante una serie de preguntas de tipo test múltiple ponga de manifiesto sus conocimientos en la metodología de los diversos marcadores utilizados en Genética evolutiva y en los aspectos prácticos de la asignatura.
En el caso de las convocatorias extaordinarias, la evaluación será exactamente igual a la de la convocatoria ordinaria.

Tipo de prueba	Competencias	Criterios	Ponderación
Pruebas de respuesta corta	[E18], [E14], [E13], [E11], [E10], [E9], [E8], [E5], [E2], [E1], [CG1], [CG2], [CG4], [CG5], [CG6], [CG8], [OPT8]	Responder satisfactoriamente más del 50% de las preguntas	60,00 %
Trabajos y proyectos	[E19], [E12], [E10], [E4], [E3], [CG2], [CG5], [CG6], [CG7], [CG9], [OPT8], [CB9]	Defensa adecuada del trabajo y conclusiones del mismo. Pulcritud en la presentación del trabajo.	20,00 %
Escalas de actitudes	[E19], [E18], [E14], [E13], [E12], [E11], [E10], [E9], [E8], [E5], [E4], [E3], [E2], [E1], [CG1], [CG2], [CG3], [CG4], [CG5], [CG6], [CG7], [CG8], [CG9], [OPT8], [CB9], [CB10], [CB6], [CB7], [CB8]	Asistencia y participación regular a todas las actividades de la asignatura; escala de actitudes	5,00 %
Valoración de la destreza técnica desarrollada en el laboratorio y/o prácticas de campo	[E19], [E18], [E14], [E13], [E12], [E11], [E10], [E9], [E8], [E5], [E4], [E3], [E2], [E1], [CG1], [CG2], [CG3], [CG4], [CG5], [CG6], [CG7], [CG8], [CG9], [OPT8], [CB9], [CB10], [CB6], [CB7], [CB8]	Valoración de la destreza técnica desarrollada en el laboratorio	5,00 %
Trabajo sobre estrategias y metodologías utilizadas en la búsqueda de marcadores moleculares	[CG2], [CG5], [CG6], [CG7], [CG8], [CG9], [CB9]	Explicación adecuada de la metodología utilizada en el diseño de un marcador molecular	10,00 %

Inicialmente, el alumno conocerá los distintos marcadores moleculares utilizados en los estudios de biodiversidad y conservación, su detección y análisis, así como su correcta aplicación a los distintos problemas con los que nos podemos encontrar. Posteriormente, analizará diversos métodos de filogenia molecular y calibración de tiempos de evolución.
El presente cronograma, de carácter orientativo y dependiente de la organización docente del cuatrimestre, recoge la distribución prevista de actividades a lo largo del curso. Se remite a los horarios publicados en la web y en los tablones de la facultad para consultar el calendario de la asignatura y la distribución de las diferentes actividades presenciales programadas.

Semana	Temas	Actividades de enseñanza aprendizaje	Horas de trabajo presencial	Horas de trabajo autónomo	Total
Semana 10:			0.00	0.00	0.00
Semana 11:	1, 2, 3, y prácticas	Saber elegir el marcador molecular adecuado para estudios de biodiversidad en función del objetivo perseguido. Saber aplicar los métodos de análisis de marcadores moleculares en poblaciones para estimar la variabilidad genética, el grado de estructuración de las poblaciones y flujo génico entre las mismas. Saber aplicar las técnicas de análisis de poblaciones y entender los resultados de las mismas en estudios de conservación.	16.50	19.00	35.50
Semana 12:	4, 5 y 6	Saber aplicar el análisis genético en estudios de filogenias y reconocimiento del status taxonómico.	10.00	11.00	21.00
Semana 14:		Preparación de trabajos	0.00	4.50	4.50
Semana 15:		Preparación de trabajos	0.00	4.50	4.50
Semana 16 a 18:	Evaluación	Presentación y defensa de trabajo de diseño y metodología. Presentación y defensa de trabajo filogenética, Preparación y realización de Examen..	3.50	6.00	9.50
Total			30.00	45.00	75.00