Contenidos teóricos y prácticos de la asignatura
- Profesor: Mariano Hernández Ferrer y Rosa Irene Fregel Lorenzo
- Tema 1: Introducción. Técnicas y marcadores moleculares para el estudio de la variabilidad Genética: PCR-RFLP, SCARs, AFLPs, SSR, Secuenciación de Sanger, Secuenciación masiva, Rad-seq. Características análisis y aplicaciones.
- Tema 2: Poblaciones de pequeño tamaño. Pérdida de diversidad genética. Inbreeding. Deriva.
- Tema 3: Metapoblaciones y fragmentación. Estructura poblacional. Efecto Wahlund. Estadísticos F. Diferenciación poblacional. AMOVA.
- Tema 4: Análisis de secuencias. Alineamientos múltiples. Test de neutralidad y expansión demográfica. Parsimonia y redes de haplotipos. Análisis de mismatch pairwise differences.
- Tema 5: Filogenia Molecular. Genes ortólogos y parálogos. Homología, analogía y homoplasia. Tipos de árboles filogenéticos: enraizados, no enraizados, filogramas, cladogramas, ultramétricos. Monofilia, parafilia y polifilia.
- Tema 6: Métodos de inferencia filogenética basados en distancia: UPGMA y Neighbor-Joining. Modelos evolutivos. Fiabilidad y contraste de hipótesis filogenéticas.
- Tema 7: Métodos de inferencia filogenética basados en caracteres: Máxima verosimilitud y análisis bayesiano.
- Profesores: Mariano Hernández Ferrer
Prácticas de laboratorio: Estudio de la diversidad genética en una población natural mediante el uso de microsatélites y sexado mediante PCR
Análisis y aplicaciones.
- Profesor: Mariano Hernández Ferrer y Rosa Irene Fregel Lorenzo
Prácticas de Aula de Informática:
- Análisis jerárquico de estructura poblacional y flujo génico entre poblaciones. Uso de programas habituales en este tipo de análisis: DnaSP, GenAlex, ARLEQUIN, Network.
- Alineamiento de secuencias y construcción de árboles filogenético de distancia, máxima verosimilitud y bayesiano.
- Tema 1: Introducción. Técnicas y marcadores moleculares para el estudio de la variabilidad Genética: PCR-RFLP, SCARs, AFLPs, SSR, Secuenciación de Sanger, Secuenciación masiva, Rad-seq. Características análisis y aplicaciones.
- Tema 2: Poblaciones de pequeño tamaño. Pérdida de diversidad genética. Inbreeding. Deriva.
- Tema 3: Metapoblaciones y fragmentación. Estructura poblacional. Efecto Wahlund. Estadísticos F. Diferenciación poblacional. AMOVA.
- Tema 4: Análisis de secuencias. Alineamientos múltiples. Test de neutralidad y expansión demográfica. Parsimonia y redes de haplotipos. Análisis de mismatch pairwise differences.
- Tema 5: Filogenia Molecular. Genes ortólogos y parálogos. Homología, analogía y homoplasia. Tipos de árboles filogenéticos: enraizados, no enraizados, filogramas, cladogramas, ultramétricos. Monofilia, parafilia y polifilia.
- Tema 6: Métodos de inferencia filogenética basados en distancia: UPGMA y Neighbor-Joining. Modelos evolutivos. Fiabilidad y contraste de hipótesis filogenéticas.
- Tema 7: Métodos de inferencia filogenética basados en caracteres: Máxima verosimilitud y análisis bayesiano.
- Profesores: Mariano Hernández Ferrer
Prácticas de laboratorio: Estudio de la diversidad genética en una población natural mediante el uso de microsatélites y sexado mediante PCR
Análisis y aplicaciones.
- Profesor: Mariano Hernández Ferrer y Rosa Irene Fregel Lorenzo
Prácticas de Aula de Informática:
- Análisis jerárquico de estructura poblacional y flujo génico entre poblaciones. Uso de programas habituales en este tipo de análisis: DnaSP, GenAlex, ARLEQUIN, Network.
- Alineamiento de secuencias y construcción de árboles filogenético de distancia, máxima verosimilitud y bayesiano.
Actividades a desarrollar en otro idioma
Seminario (Tema 0) por parte del Dr. Brent Emerson, IPNA, CSIC.
Para el resto de temas las presentaciones y bibliografía Prof. Mariano Hernández Ferrer y Rosa Irene Fregel Lorenzo
Para el resto de temas las presentaciones y bibliografía Prof. Mariano Hernández Ferrer y Rosa Irene Fregel Lorenzo