Herramientas de Biología Molecular para la Investigación y el Diagnóstico de Enfermedades Tropicales
(Curso Académico 2024 - 2025)

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• ce1 - Conocer las herramientas útiles para el diagnóstico de Enfermedades Tropicales adaptadas a las circunstancias sanitarias de los países.
• ce2 - Elaborar protocolos de diagnóstico de Enfermedades Tropicales adaptados a las circunstancias sanitarias de los países.
• ce3 - Aplicar las metodologías de investigacióin epidemiológica aplicables a los problemas de salud.

• cg1 - Aplicar reactivos, métodos y técnicas analíticas relacionadas con el diagnóstico e investigación de Enfermedades Tropicales.
• cg2 - Analizar de forma eficaz la información relacionada con Enfermedades Tropicales.
• cg6 - Encontrar y gestionar fuentes de información necesarias para el diagnóstico, prevención innovación e investigación en Enfermedades Tropicales.
• cg7 - Definir y evaluar reactivos, métodos y técnicas analíticas relacionadas con el diagnóstico e investigación de Enfermedades Tropicales.

- Profesor/a: Teresa Acosta Almeida y José Antonio Pérez Pérez
Tema 1.- Obtención de muestras biológicas en campo. Aislamiento, purificación y cuantificación de ácidos nucleicos. 
Tema 2.- Métodos basados en la PCR para la detección y cuantificación de patógenos: RT-PCR, PCR múltiplex, PCR anidada, PCR cuantitativa y PCR isotérmica (LAMP). 
Tema 3.-. Vacunas recombinantes y vacunas de ácidos nucleicos.

- Profesor: Luis Fabián Lorenzo Díaz.
Tema 4.- Evolución de las técnicas de secuenciación de ADN.
Tema 5.- Estrategias y diseño de proyectos de secuenciación masiva (NGS).
Tema 6.- Aplicaciones de la secuenciación masiva de ADN.

- Profesor/a: Mariano Hernández Ferrer y Rosa Irene Fregel Lorenzo. 
Tema 8.- Conceptos básicos de Genética de Poblaciones. Heterocigosidad, diversidad haplotípica y nucleotídica.
Tema 9.- Fuerzas generadoras de cambio en las poblaciones. Mutación, selección, migración y deriva genética. Estructura poblacional. Índices F de Wright. Flujo génico.
Tema 10.- Filogenias moleculares: Alineamiento múltiple de secuencias. Genes ortólogos y parálogos. Monofilia, parafilia y polifilia. Árboles de distancia y de caracteres. Redes de haplotipos. Contraste de hipótesis.
PRÁCTICA DE INFORMÁTICA: Análisis de casos prácticos de poblaciones estructuradas y no estructuradas. Construcción de un árbol filogenético.

- Profesor: Mariano Hernández Ferrer
Prácticas de informática: Análisis de casos prácticos de poblaciones estructuradas y no estructuradas. Construcción de un árbol filogenético.
Para ello los alumnos utilizarán software como:
- MEGA: para la edición y alineamiento de secuencias. Árboles de distancias.
- DnaSP y ARLEQUIN: Cuantificación y análisis de la variación.
- Network: Redes de haplotipos.
- JModeltest: Modelos evolutivos.
- PHYML y MrBayes: Filogenias moleculares.

Se entregarán al alumnado, distribuido en pequeños grupos, artículos en lengua inglesa relacionados con los bloques los contenidos de la asignatura para su discusión. Cada grupo, con la ayuda de la profesora, trabajará el artículo que le haya sido asignado, y en la fecha establecida presentará al resto de la clase un resumen y las conclusiones del trabajo realizado. Asimismo se pondrá a disposición del alumnado, en el entorno virtual de la asignatura, material sobre el contenido teórico-práctico de la asignatura en lengua inglesa (enlaces a vídeos, webs, etc.). Posteriormente, el alumnado podrá debatir en pequeños grupos y conjuntamente con la profesora sobre su contenido.
El seminario se impartirá en inglés.

La metodología de esta asignatura se basa en un modelo de enseñanza-aprendizaje con actividades presenciales, no presenciales y trabajo autónomo guiado. La metodología a utilizar consistirá en clases teóricas magistrales, además de clases prácticas en el aula de informática. La asignatura consta también de una importante actividad formativa centrada en el alumno/a, incluyendo la resolución de casos prácticos y la realización de un trabajo grupal. El trabajo consiste en la interpretación de un artículo original reciente y publicado en revistas internacionales de alto impacto. Además, elaborarán una presentación que contenga los apartados del artículo científico y que tendrán que presentar al resto de sus compañeros.
- Docencia no presencial.
Se priorizará la docencia online síncrona a mediante sistemas de videoconferencia (Google Meet), dado que ciertas sesiones como el seminario podrán ser impartidas por profesionales de reconocido prestigio en diferentes ámbitos científicos, que residen en el extranjero
- Trabajo autónomo. 
El alumnado deberá estudiar, analizar y comprender el material proporcionado en el aula virtual sobre los diferentes módulos de la asignatura, así como responder a las diferentes actividades o tareas que puedan desarrollarse a través de esta plataforma. También, a través del material didáctico disponible en el aula virtual, se identificarán para el alumnado conceptos previos que se precisan para la comprensión del temario y que deben ser estudiados de forma autónoma. 

La IA puede ser usada como una primera aproximación a un problema, pero es necesario analizar las respuestas de manera crítica, contrastando la información, para llegar a un resultado creativo que permita el aprendizaje y evite algunos de los problemas derivados del uso de la IA.



 

Actividades formativas	Horas presenciales	Horas de trabajo autónomo	Total horas	Relación con competencias
Clases teóricas	15,00	22,00	37,0	[cg2], [cg7], [ce2], [cg1], [ce1], [ce3]
Clases prácticas (aula / sala de demostraciones / prácticas laboratorio)	8,00	12,00	20,0	[ce1]
Realización de seminarios u otras actividades complementarias	4,00	6,00	10,0	[cg2], [cg7], [cg1], [cg6], [ce1], [ce3]
Realización de exámenes	2,00	0,00	2,0	[cg2], [cg7], [ce2], [cg1], [cg6], [ce1], [ce3]
Asistencia a tutorías	1,00	5,00	6,0	[cg2], [cg7], [ce2], [cg1], [cg6], [ce1], [ce3]
Total horas
Total ECTS

Next-Generation Sequencing Technology: Current Trends and Advancements. Satam H, Joshi K, Mangrolia U, Waghoo S, Zaidi G, Rawool S, Thakare RP, Banday S, Mishra AK, Das G, et al. Biology. 2023; 12(7):997. https://doi.org/10.3390/biology12070997
Principles of Population Genetics 4th ed. HARTL and CLARK. 2016. Sinauer Associates
de Pinho Favaro MT, Atienza-Garriga J, Martínez-Torró C, et al. Recombinant vaccines in 2022: a perspective from the cell factory. Microb Cell Fact. 2022;21(1):203. Published 2022 Oct 5. doi:10.1186/s12934-022-01929-8

An Update on Self-Amplifying mRNA Vaccine Development. Blakney AK, Ip S, Geall AJ. Vaccines (Basel). 2021
Jan 28;9(2):97. doi: 10.3390/vaccines9020097. PMID: 33525396; PMCID: PMC7911542.
Artículos de reciente publicación (últimos 5 años) en revistas científicas como:- Plos Neglected Tropical Diseases.
- Vaccine
- J. Nanobiotechnology
- Biological Invasions.
- Parasitology.
- Nature Genetics.
- Nature Reviews Genetics.
Concepts In Pharmacogenomics. Zdanowics, M.M., 2010. Ed. American Society Of Health-System Pharmacists. 
 
 Improving mosquito control strategies with population genomics. Trends Parasitol. 2021. May 29:S1471-4922(21)00111-2. doi: 10.1016/j.pt.2021.05.002
Nuclease-based gene drives, an innovative tool for insect vector control: advantages and challenges of the technology. Curr Opin Insect Sci. 2020 Jun;39:77-83. doi: 10.1016/j.cois.2020.03.007.
The mechanism and improvements to the isothermal amplification of nucleic acids, at a glance. Anal Biochem. 2021 May 21:114260. doi: 10.1016/j.ab.2021.114260.

http://www.expasy.org/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
http://www.pharmagkb.org
 

Atendiendo a la disposición transitoria contemplada en este reglamento, la distribución de porcentajes de las pruebas evaluativas se mantendrá tal y como se contempla en la memoria de verificación de la titulación.
Así, la evaluación de la asignatura a lo largo de las convocatorias será de la siguiente forma:
1ª convocatoria:
EVALUACIÓN CONTINUA (EvC):
De manera general, la evaluación será continua realizándose diversos tipos de actividades a lo largo del curso con el objetivo de valorar si el alumnado ha alcanzado las competencias y los resultados del aprendizaje de la asignatura, tal como especifica el Reglamento de Evaluación y Calificación de la ULL. Se trata de la opción recomendada, dado que permite adquirir las competencias relacionadas con la asignatura de manera ordenada, organizada en el tiempo y de forma continua, facilitando el proceso de enseñanza-aprendizaje.
Esta evaluación consta de cuatro actividades específicas:
1.- Seminario (10% de la calificación final). Los conocimientos adquiridos en el seminario serán evaluados mediante preguntas del tipo test múltiple y/o a completar. Todas las preguntas puntuarán de igual manera y para superar los seminarios el estudiante deberá contestar correctamente la mitad de las preguntas.
2. - Trabajo de exposición en grupo (20% de la calificación final). Consiste en la lectura y comprensión de artículos científicos relacionados con la materia. El profesorado realizará una serie de preguntas con el fin de valorar los conocimientos adquiridos por el alumnado y evaluar la lectura, comprensión y capacidad de reconocer las conclusiones más importantes de artículos científicos. El requisito mínimo para superar la asignatura conlleva realizar lel trabajo de exposición.
3.- Supuestos teórico-prácticos (10% de la calificación final). Se planteará a los estudiantes un supuesto práctico para evaluar  los conocimientos adquiridos y el espíritu crítico del estudiante. Para ello se habilitará una tarea en el aula virtual donde los alumnos podrán adjuntar el trabajo realizado.
4.-  Prueba Evaluativa Final (60% de la calificación).  La prueba final teórico-práctica consistirá en una prueba escrita con preguntas tipo test de respuesta múltiple, problemas, cuestiones prácticas y texto incompleto.  Para superar esta prueba se debe obtener una puntuación de 5 sobre 10. Solo cuando se cumpla este requisito, se tendrá en cuenta la calificación obtenida en el resto de actividades de la evaluación continua. En caso de obtener una nota menor de 5 en dicho examen, la calificación final será la obtenida en ese examen.
Una vez presentado o presentada al 40% de las actividades de la evaluación continua, se considerará agotada la evaluación continua, según lo especificado en el artículo 4.7 del REC.
Se considerará agotada la convocatoria cuando el alumno se presente a la prueba final escrita. En caso contrario se considerará "No presentado"

EVALUACIÓN ÚNICA (EvU)
Podrá optar a la evaluación única en la que se evaluarán todas las competencias de la asignatura en una única prueba, el estudiantado que lo comunique a través del procedimiento habilitado en el aula virtual antes del último día de docencia del cuatrimestre. Solo por circunstancias sobrevenidas derivadas, tales como enfermedad grave, accidente o incompatibilidad de la jornada laboral, se podrán admitir solicitudes para optar a la evaluación única una vez que el estudiantado se haya presentado a un porcentaje de actividades de la evaluación continua superior al 40%.
La evaluación única se relizará durante el periodo de exámenes de la convocatoria, el mismo día y misma hora que el último examen escrito de la evaluación continua.

2ª Convocatoria:
Para esta convocatoria se mantendrá, si el alumno así lo considera, la calificación de la evaluación continua, salvo la de la prueba final teórico-práctica, que habrá de realizar en esta convocatoria. En caso contrario la evaluación será única.
El proceso evaluativo será el que se desarrolla a continuación y consta de 4 actividades:
1.- Examen sobre Seminario (10%). El seminario impartido será evaluado mediante cincc preguntas del tipo test múltiple y/o a completar que suman 10 puntos en total.
2.- Examen sobre trabajos de investigación (20%). Consistirá en 10 preguntas de respuesta corta o a desarrollar sobre los diferentes trabajos de exposición que se han realizado a lo largo del curso y que suman 10 puntos en total.
3.- Examen sobre los supuestos teórico-prácticos (10%). Dos preguntas sobre supuestos prácticos similares a los discutidos en las clases teórico-prácticas de aula y que suman 10 puntos en total.
4.-Examen sobre los contenidos teóricos de la asignatura (60%). Esta prueba tendrá la misma estructura que la prueba evaluativa final del modelo de evaluación continua. El estudiante deberá obtener una calificación mínima equivalente al 50% de la puntuación máxima del examen final para que se le tenga en cuenta el resto de las actividades evaluables. En caso de que no se cumpla el supuesto anterior, la calificación del acta correspondiente será la obtenida en el examen teórico.

CONVOCATORIAS EXTRAORDINARIAS
En el caso de las convocatorias extraordinarias, la evaluación será exactamente igual a la de la convocatoria ordinaria descrita en la evaluación continua. El alumnado que se encuentre en la quinta o posteriores convocatorias y desee ser evaluado por un Tribunal, deberá presentar una solicitud a través del procedimiento habilitado en la sede electrónica, dirigida a la persona responsable del máster. Dicha solicitud deberá realizarse con una antelación mínima de diez días hábiles al comienzo del periodo de exámenes y previa conformidad del profesorado responsable (BOULL nº. 22 de 28 de diciembre de 2017).

Tipo de prueba	Competencias	Criterios	Ponderación
Pruebas de respuesta corta	[cg2], [cg7], [ce2], [cg1], [ce1], [ce3]	Contestar correctamente un porcentaje superior al 50% de las preguntas de tipo test múltiple del examen	60,00 %
Trabajos y proyectos	[cg2], [ce2], [ce3], [cg6], [ce1]	Contestar correctamente al 50% de las preguntas sobre los artículos científicos que han de leer	20,00 %
Pruebas de ejecuciones de tareas reales y/o simuladas	[cg2], [cg7], [ce2], [cg1], [cg6], [ce1], [ce3]	Contestar correctamente al 50% de las preguntas sobre casos simulados semejantes a los comentados en los seminarios	10,00 %
Escalas de actitudes	[cg2], [cg7], [ce2], [cg1], [cg6], [ce1], [ce3]	Contestar adecuadamente al 50% de los casos prácticos discutidos en las clases teórico-prácticas de aula.	10,00 %

*La distribución de los temas por semana es orientativo, puede sufrir cambios según las necesidades de organización docente.

Semana	Temas	Actividades de enseñanza aprendizaje	Horas de trabajo presencial	Horas de trabajo autónomo	Total
Semana 1:	Temas 1 y 2.	Clases magistrales (4h)	4.00	6.00	10.00
Semana 2:	Temas 3, 4 y 5	Clases magistrales (6h)	6.00	9.00	15.00
Semana 3:	Tema 6, 7 y 8	Clases magistrales (4h) y seminarios (2h)	6.00	9.00	15.00
Semana 4:	Tema 9, 10.	Clases magistrales (2h)	2.00	3.00	5.00
Semana 5:	Tema 7. Prácticas de informática	Prácticas informática (8h)	8.00	12.00	20.00
Semana 6:	Tutoría y exposición.	Tutoría y Exposición	2.00	3.00	5.00
Semana 15 a 17:	Examen		2.00	3.00	5.00
Total			30.00	45.00	75.00