Analyse statistique avec R. Distribution, communautés et populations en écologie

Sujet I. Introduction à la théorie et à l'analyse statistique des communautés biologiques. Description : Ce cours présente les fondements théoriques expliquant les schémas et les processus qui déterminent la biodiversité. La structure et la dynamique des communautés biologiques sont contextualisées d'un point de vue écologique et statistique. Méthodologie : Cours magistraux illustrés d'exemples concrets, étayés par la littérature scientifique fondamentale et actuelle.

Thème II. Assemblage des communautés biologiques et analyse de la diversité. Description : Ce cours abordera les dimensions de la diversité (alpha, bêta et gamma), les principaux estimateurs et les méthodes de représentation des différences entre les communautés. Il traitera des courbes de raréfaction, des mesures de diversité alpha et bêta, ainsi que de l’analyse de la composition. Méthodologie : Exercices pratiques avec le logiciel R et des données réelles ; la théorie sera combinée à des analyses statistiques paramétriques et non paramétriques.

Sujet III. Mesures de distance et analyse de regroupement. Description : Ce cours explore différentes mesures de distance et de transformation applicables aux données de présence/absence et d’abondance. Des techniques de regroupement et de classification sont développées afin d’identifier les structures au sein des communautés. Méthodologie : Exercices pratiques avec R et des données réelles, où des analyses comparatives sont mises en œuvre avec différents indices (par exemple, Bray-Curtis, Jaccard), en appliquant des algorithmes de regroupement hiérarchiques et non hiérarchiques.

Sujet IV. Techniques d'ordination multivariée. Description : Les méthodes d'ordination indirecte (ACP, DCA, NMDS) et directe (RDA, CCA) seront expliquées, ainsi que l'analyse de variance multivariée. Les gradients écologiques et les relations entre la composition spécifique et les variables environnementales seront interprétés. Méthodologie : Exercices pratiques avec les packages d'ordination de R (vegan, ade4), avec interprétation écologique des axes et des variances expliquées.

Sujet V. Analyse de variance multivariée et espèces indicatrices. Description : Les méthodes PERMANOVA et ANOSIM seront comparées afin d’évaluer les différences entre les communautés. Les espèces indicatrices seront identifiées et leur relation avec des habitats ou des conditions spécifiques sera étudiée. L’interprétation de la diversité alpha et bêta et ses facettes (taxonomique, fonctionnelle, phylogénétique) seront explorées en profondeur. Méthodologie : Séances pratiques d’application de l’analyse de signification multivariée et des tests d’espèces indicatrices (IndVal) avec R.