{"id":12354,"date":"2015-05-22T11:26:17","date_gmt":"2015-05-22T11:26:17","guid":{"rendered":"http:\/\/ddigital.webs.ull.es\/?p=12354"},"modified":"2015-05-22T11:26:17","modified_gmt":"2015-05-22T11:26:17","slug":"la-ull-el-iter-y-el-hospital-de-la-candelaria-crean-una-herramienta-de-big-data-para-estudiar-el-adn-de-bacterias","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ull.es\/portal\/noticias\/2015\/la-ull-el-iter-y-el-hospital-de-la-candelaria-crean-una-herramienta-de-big-data-para-estudiar-el-adn-de-bacterias\/","title":{"rendered":"La ULL, el ITER y el Hospital de La Candelaria crean una herramienta de Big Data para estudiar el ADN de bacterias"},"content":{"rendered":"<p>Investigadores de la Universidad de La Laguna y del Hospital Universitario Ntra. Sra. de Candelaria, adscrito a la consejer\u00eda de Sanidad del Gobierno de Canarias, en colaboraci\u00f3n con el Instituto Tecnol\u00f3gico de Energ\u00edas Renovables (ITER) de Tenerife, han desarrollado una web de acceso p\u00fablico que permite, entre otras cosas, ensamblar r\u00e1pidamente genomas bacterianos. Este proyecto colaborativo, denominado IonGAP, es posible gracias al uso del superodenador Teide-HPC (High Performance Computing), ubicado en el ITER y considerado en la actualidad el segundo m\u00e1s potente de Espa\u00f1a.<\/p>\n<p>IonGAP es una herramienta web de gran utilidad para estudios enmarcados en contextos cl\u00ednicos y biom\u00e9dicos, as\u00ed como de aplicaci\u00f3n para el \u00e1rea farmac\u00e9utica. Su alta capacidad de procesado permite reducir el tiempo y el coste de los trabajos de investigaci\u00f3n que requieran el an\u00e1lisis exhaustivo de datos vinculados con el ADN de las bacterias.<\/p>\n<p>Esta iniciativa nace del proyecto de fin de carrera del estudiante Adri\u00e1n B\u00e1ez (Ingenier\u00eda Inform\u00e1tica) y de la necesidad de los investigadores involucrados en crear una herramienta integradora para el an\u00e1lisis de datos de secuenciaci\u00f3n masiva de ADN.<\/p>\n<p>Su puesta en marcha se realiz\u00f3 el 28 de noviembre de 2014, ofreciendo acceso gratuito a trav\u00e9s del portal web <a href=\"http:\/\/iongap.hpc.iter.es\" target=\"_blank\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">http:\/\/iongap.hpc.iter.es<\/a>. Hasta hoy, la herramienta IonGAP ha sido utilizada por investigadores nacionales e internacionales en 47 proyectos distintos de pa\u00edses como M\u00e9xico, EEUU, Chile, Australia, India, Alemania, Inglaterra o Espa\u00f1a.<\/p>\n<p><strong>Publicaci\u00f3n en la revista Bioinformatics<\/strong><\/p>\n<p>La revista cient\u00edfica internacional Bioinformatics, de la editorial Oxford University Press ha publicado recientemente un art\u00edculo sobre los primeros resultados del desarrollo de esta herramienta web, titulado \u201cIonGAP: integrative bacterial genome analysis for Ion Torrent sequence data\u201d, un trabajo realizado por Adri\u00e1n B\u00e1ez y Carlos Gonz\u00e1lez del Instituto Tecnol\u00f3gico de Energ\u00edas Renovables (ITER); Fabi\u00e1n Lorenzo, Mariano Hern\u00e1ndez, Jos\u00e9 Luis Roda y Marcos Colebrook, de la ULL; y Carlos Flores, del Hospital Universitario Ntra. Sra. de Candelaria.<\/p>\n<p>\u201cEs un recurso que persigue fomentar la utilizaci\u00f3n de datos gen\u00f3micos masivos en el \u00e1mbito biom\u00e9dico, enormemente facilitado por los recursos tecnol\u00f3gicos de altas prestaciones como los que ofrece actualmente Tenerife a cient\u00edficos nacionales e internacionales. IonGAP se convierte en una herramienta inform\u00e1tica dedicada a la clasificaci\u00f3n, caracterizaci\u00f3n de genes e identificaci\u00f3n de elementos y factores de patogenicidad de las bacterias cuyo sistema de an\u00e1lisis de datos se realiza a trav\u00e9s del uso del superordenador Teide-HPC del ITER, reduciendo los tiempos de obtenci\u00f3n de resultados y, por tanto, ahorrando costes a los investigadores\u201d, explica el Carlos Flores, del Hospital Universitario Ntra. Sra. de Candelaria.<\/p>\n<p>Se espera que la creaci\u00f3n de esta web facilite la secuenciaci\u00f3n de ADN de bajo coste y el posterior an\u00e1lisis de los genomas bacterianos para la prevenci\u00f3n y control microbiol\u00f3gico, as\u00ed como en aplicaciones de la industria farmac\u00e9utica y agroalimentaria.<\/p>\n<p>El art\u00edculo completo puede encontrarse en <a href=\"http:\/\/bioinformatics.oxfordjournals.org\/content\/early\/2015\/05\/06\/bioinformatics.btv283.abstract?keytype=ref&amp;ijkey=EFnUdmGvfn0fVKB\" target=\"_blank\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"><strong>este enlace<\/strong><\/a>.<\/p>\n<p>(Nota y foto cedidas por el Hospital Universitario Ntra. Sra. de Candelaria)<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Investigadores de la Universidad de La Laguna y del Hospital Universitario Ntra. 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