Service de génomique

Le service de génomique a pour objectif d'accompagner les équipes de recherche universitaires, ainsi que d'autres organisations et entreprises, en leur fournissant les instruments les plus performants disponibles sur le marché pour l'analyse de l'ADN. Il propose également des services de conseil technique aux utilisateurs non spécialistes souhaitant intégrer ces techniques à leurs travaux.

Les méthodes de préparation utilisées permettent de traiter un grand nombre d'échantillons en un temps réduit grâce à l'automatisation des processus sur la plateforme robotisée MICROLAB STARlet (Hamilton Robotics). Les techniques de préparation disponibles sont les suivantes :

Extraction d'ADN à partir de n'importe quel organisme ou tissu.
Amplification PCR de n'importe quel gène à la demande. Nous proposons également des amorces universelles pour l'identification moléculaire des espèces.
Électrophorèse sur gel d'agarose : vérification des produits PCR et génotypage.
Purification des produits de PCR
PCR en temps réel : quantification absolue, analyse de l’expression génique, sondes TaqMan et diagnostic moléculaire.
Culture de micro-organismes : champignons, bactéries et levures.
Quantification de l'ADN, de l'ARN et des protéines par fluorimétrie.
Analyse de l'ADN selon deux méthodologies :

Séquençage automatique par électrophorèse capillaire.
Le séquençage automatisé permet d'obtenir la séquence nucléotidique d'un échantillon d'ADN, qui peut être clonée dans un vecteur ou directement amplifiée par PCR. La méthode de séquençage utilisée (séquençage Sanger par électrophorèse capillaire) offre des performances élevées pour le séquençage de fragments jusqu'à 2 kb, générant des données avec une hauteur de pic uniforme, ce qui permet une attribution des bases plus précise.
Génotypage ou analyse de la taille des fragments générés par PCR.
Le génotypage permet de visualiser simultanément un ou plusieurs fragments d'ADN amplifiés, obtenant ainsi des profils de bandes spécifiques à chaque espèce ou présentant une variabilité entre les individus d'une même espèce.

Applications

L'analyse de l'ADN présente actuellement de multiples domaines d'application potentiels, parmi lesquels nous soulignons :

Recherche fondamentale en génétique moléculaire : études phylogénétiques et évolutives des organismes.
Recherche fondamentale en écologie moléculaire : études de population, identification des espèces au stade larvaire, marquage génétique des individus pour les études de terrain…
Biomédecine : caractérisation moléculaire des gènes cliniquement pertinents, prédisposition génétique à certains types de cancer, détection des mutations des oncogènes, conception de médicaments…
Génétique humaine : diagnostic des maladies héréditaires, conseil génétique…
Médecine légale : identification des individus, tests de paternité…
Microbiologie : diagnostic moléculaire des infections et identification des espèces bactériennes, fongiques et virales…
Médecine vétérinaire : pedigrees, identification des gènes d’intérêt dans les programmes de sélection, sexage des oiseaux…
Agroalimentaire : identification des variétés de légumes, traçabilité, détection des fraudes…
Biodiversité : conservation des espèces menacées.

Équipement:

Cabine à flux laminaire TELSTAR
Fluorimètre Invitrogen Qubit4
Équipement électrophorétique BIO-RAD
Spectrophotomètre SpectraMax QuickDrop Molecular Devices
Homogénéisateur de tissus MP Biomedicals (1)
Incubateur bactériologique NÜVE
MICROLAB STARlet Hamilton Robotics plateforme de processus automatisée (1)
Système de documentation Axygen Gel (1)
QuantStudio 3 Thermocycleur en temps réel Applied BioSystems (1)
Thermocycleur Veriti Applied Biosystems (1)
Transilluminateur UV TFM-20 (2)
Séquenceur d'ADN automatique Applied BioSystems 3500 (2)
Thermocycleur en temps réel BIO-RAD iCycler (2)

Financement

L'infrastructure de ce service a été partiellement financée par le Fonds européen de développement régional (FEDER) :

1. Projet UNLL10-3E-1387 Financé par :

2. Aide EQC2019-005677-P financé par :

Le recrutement de personnel technique pour ce service au cours des périodes 2017-2018, 2018-2019, 2019-2020 et 2020-2021 a été financé par le Conseil insulaire de Tenerife dans le cadre du programme MEDI-FDCAN 2016-2025.

Le recrutement du personnel technique pour ce service a été financé par le « Programme d’État pour développer, attirer et retenir les talents, dans le cadre du Plan d’État pour la recherche scientifique, technique et l’innovation 2021-2023 ».