Biología molecular y estructural
(Curso Académico 2020 - 2021)

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• CB6 - Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación
• CB7 - Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio
• CB8 - Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios
• CB9 - Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones y los conocimientos y razones últimas que las sustentan a públicos especializados/no especializados de un modo claro y sin ambigüedades
• CB10 - Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo auto dirigido o autónomo

• CG1 - Adquirir formación avanzada, especializada y multidisciplinar orientada a las tareas de investigación científico técnicas
• CG2 - Adquirir y demostrar conocimientos avanzados aplicables a la investigación científico técnica
• CG3 - Conocer los aspectos teóricos y prácticos de la metodología de trabajo en investigación científico técnica
• CG4 - Saber aplicar e integrar los conocimientos adquiridos para la resolución de problemas de carácter científico técnico
• CG5 - Capacitar para, de forma individual o en grupo innovar metodológica o conceptualmente en el conocimiento científico técnico
• CG6 - Desarrollar autonomía suficiente para participar en proyectos de investigación científico técnicos
• CG7 - Transmitir claramente y sin ambigüedades, a un público especializado o no, los resultados de su trabajo y su potencial transferencia

• CE10 - Comprender la integración de los mecanismos operantes en los órganos y sistemas biológicos
• CE11 - Conocer las bases moleculares de la interacción macromolecular
• CE12 - Comprender el análisis molecular y estructural del fenómeno biológico
• CE13 - Establecer un modelo molecular y estructural para diseñar un experimento

- Profesor/a: Julio Tomás Ávila Marrero
- Temas (epígrafes):Replicación, recombinación, mantenimiento y reparación del DNA. En procariotes y eucariotes.

- Profesor/a: Nelida Brito Alayón
- Temas (epígrafes):Transcripción. En procariotes y eucariotes.

- Profesor/a: Celedonio González Díaz
- Temas (epígrafes):Traducción. En procariotes y eucariotes.

- Profesores: Pablo Martin Vasallo.
- Temas (epígrafes):Regulación de la expresión génica. En procariotes y eucariotes.

- Profesor: José M. Padrón.
- Temas (epígrafes):

•  Técnicas de resolución estructural de proteínas.
  • Cristalografía de rayos X
  • Resonancia Magnética Nuclear
  • Otras técnicas
•  Estudio de la interacción proteína-proteína y proteína-molécula pequeña.Conceptos básicos: estructura 3D y función de proteínas y ácidos nucleicos
  • Motivos estructurales y dominios: relación con la función
  • Mecanismos de plegamiento de proteínas
  • Modificaciones post-translacionales (fosforilación, ubiquitinación, etc.)
  • Metilación de ácidos nucleicos
  • Mecanismos enzimáticos y de transporte a través de membranas
  • Técnicas para el estudio de la interacción proteína-pequeña molécula
  • Métodos computacionales

-Prof: Julio Tomás Ávila Marrero
Replication, recombination, DNA repair. In prokaryotes and eukaryotes.

- Prof: Nelida Brito Alayón
Transcription. In prokaryotes and eukaryotes.

- Prof: Celedonio González Díaz
Translation. In prokaryotes and eukaryotes.

- Prof: Pablo Martin Vasallo.
Regulation of gene expression. In prokaryotes and eukaryotes.

- Prof: José M. Padrón.

• Protein structural resolution techniques.
  • X-ray crystallography
  • Nuclear magnetic resonance
  • Other techniques
• Study of protein-protein and protein-small molecule interaction.
  • Basic concepts: 3D structure and function of proteins and nucleic acids
  • Structural motives and domains: relationship to function
  • Protein folding mechanisms
  • Post-translational modifications (phosphorylation, ubiquitination, etc.)
  • Nucleic acid methylation
  • Enzymatic and transport mechanisms through membranes
  • Techniques for studying protein-small molecule interaction
  • Computational methods

En el desarrollo de las distintas actividades, se usará tanto material de apoyo audiovisual (esquemas, imágenes y videos técnicos) como bibliografía específica en lengua inglesa.
Parte de los test en los exámenes también estarán en inglés.

In the development of the different activities, both audiovisual support material (diagrams, images and technical videos) and specific bibliography in the English language will be used.
Part of the tests in the exams will also be in English.

Profesor/a: Todos
- Temas: Todos
En el desarrollo de las distintas actividades, se usará tanto material de apoyo audiovisual (esquemas, imágenes y videos técnicos) como bibliografía específica en lengua inglesa.
Parte de los test en los exámenes también estarán en inglés.

1. Asistencia a lecciones magistrales y seminarios.
2. Trabajo autónomo y tutorías a través del aula virtual.
3. Presentación de artículos científicos y discusión activa sobre los mismos.
4. Evaluaciones continuas.
5. Realización de memoria final en base al material manejado durante el curso.

1. Attendance at lectures and seminars lessons.
2. Autonomous work and tutorials through the virtual classroom.
3. Presentation of scientific articles and active discussion on them.
4. Continuous evaluation.
5. Final test based on the content discussed during the course.

Actividades formativas	Horas presenciales	Horas de trabajo autónomo	Total horas	Relación con competencias
Clases teóricas	30,00	67,00	97,0	[CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]
Clases prácticas (aula / sala de demostraciones / prácticas laboratorio)	20,00	20,00	40,0	[CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]
Realización de seminarios u otras actividades complementarias	0,00	0,00	0,0	[CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]
Realización de exámenes	5,00	0,00	5,0	[CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]
Asistencia a tutorías	5,00	3,00	8,0	[CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]
Total horas
Total ECTS

•
Molecular Biology of the Cell
. Alberts, Johnson, Lewis, Raff, Roberts, Walter. 6th Edition, 2015, Garland Science.
•
Molecular Biology of the Gene
, Watson. 7th Edition 2014, Pearson
• Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding, 4th Revised edition, 2017, WSPC

• Curso de Cristalografia en web. Página del Departamento de Cristalografia del Instituto de Química-Física “Rocasolano” (CSIC): http://www.xtal.iqfr.csic.es/Cristalografia/index.html
• Nat. Struct. Biol. (1997), 4, 841-865 ( NMR supplement I).
• Nat. Struct. Biol. (1998), 5, 492-522 ( NMR supplement II).
• M. Sattler, Schleucher, C. Griesinger.  Progress NMR Spectroscopy (1999), 34, 93-158.
• K. Wüthrich. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. (2003), 42, 3340-3363 (Nobel lecture).

• Genes XII, B. Lewin, 2017, Pearson.
• Revisiones recientes en Cell, Nature, Science y otras que se proveerán al comienzo del curso.
• A.M. Lesk: Introduction to protein science. , 2004, Oxford Univ.Press
• Juan A. Hermoso Domínguez y Martín Martínez-Ripoll. “Estructura de Proteínas por Cristalografía de Rayos X”. En Estructura de Proteínas. Barcelona, Ed. Ariel Ciencia.
• T.D.W. Claridge. High Resolution NMR Techniques in Organic Chemistry. Pergamon Press 2009.
• J. Cavanagh, W.J. Fairbrother, A. G. Palmer III, N. J. Skelton “Protein NMR spectroscopy: principles and practice” Academic Press 1996
• J. Cavanagh, W.J. Fairbrother, A. G. Palmer III, N. J. Skelton, M. Rance “Protein NMR spectroscopy: principles and practice” second edition Academic Press 2007
• K. Wüthrich “NMR of proteins and nucleic acids” John Wiley 1986
• Andrew R. Leach Molecular Modelling: Principles and Applications. Ed. Prentice Hall 2nd  ED.

Las partes de Biología Molecular y Biología Estructural se evaluarán conjuntamente, aunque deberán ser superadas ambas por separado. Cada una de estas partes tiene igual valor (50%) y, por consiguiente se corresponderá con la mitad de cada parte de la estrategia evaluativa.

• Pruebas de desarrollo: 30 %, control de la asistencia y participación activa durante el desarrollo de la asignatura.
• Biología Molecular: 35%, control de 24 preguntas test de respuesta única entre 4 posibles respuestas. Cada tres respuestas incorrectas se resta una correcta.
• Biología Estructural: 35%, control de 24 preguntas test de respuesta única entre 4 posibles respuestas. Cada tres respuestas incorrectas se resta una correcta.

Evaluación alternativa
Los alumnos deberán examinarse de aquellos módulos de la evaluación contínua en los que no hayan alcanzado una calificación de 5 sobre 10. La evaluación única consistirá en sendas pruebas escritas correspondientes a cada uno de los dos módulos (Biología Molecular y Biología Estructural) y para superar la asignatura deberán obtener un 5 sobre 10 en la nota media de los dos módulos.

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Molecular Biology and Structural Biology will be evaluated togheter.
30% classroom atendance.
35% MB- test 24 questions, only one correct answer.
35% SB- test 24 questions, only one correct answer.

Alternative evaluation
Students must take exams in those modules of the continuous assessment in which they have not reached a grade of 5 out of 10. The single assessment will consist of two written tests corresponding to each of the two modules (Molecular Biology and Structural Biology) and to pass the subject must obtain a 5 out of 10 in the average mark of the two modules.

Tipo de prueba	Competencias	Criterios	Ponderación
Pruebas objetivas	[CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]	Tipo test de 48 preguntas con una respuesta correcta entre cuatro. Las respuestas contestadas correctamente valen un punto, las no respondidas cero. Cada tres respuestas mal contestadas, se restará una correcta.	70,00 %
Pruebas de respuesta corta	[CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1]		0,00 %
Pruebas de desarrollo	[CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]	Asistencia a lecciones en aula con participación activa en discusiones.	30,00 %

* La distribución de los temas por semana es orientativo, puede sufrir cambios según las necesidades de organización docente.

Semana	Temas	Actividades de enseñanza aprendizaje	Horas de trabajo presencial	Horas de trabajo autónomo	Total
Semana 1:	Técnicas de resolución estructural. Biología estructural computacional.	Clases Teóricas, prácticas y tutorias	19.00	30.00	49.00
Semana 2:	Estudio de la interacción proteína-molécula pequeña. Replicación, recombinación, mantenimiento y reparación del DNA. Transcripción	Clases Teóricas, prácticas y tutorias	18.00	30.00	48.00
Semana 3:	Traducción. Regulación de la expresión génica.	Clases Teóricas, prácticas y tutorias	18.00	30.00	48.00
Semana 4:	Examen	Examen	5.00	0.00	5.00
Total			60.00	90.00	150.00