Napoleón se interesó por los trabajos del ingeniero canario y se solicitaron sus servicios para dragar los puertos de Normandía. Betancourt se mantenía a la expectativa de los movimientos de Napoleón en España. El zar Alejandro I lo invitó a viajar a Rusia y le propuso trabajar allí, pero Betancourt no se comprometió. En Francia presenta la memoria La esclusa de émbolo buzo y publica su obra magna, escrita con Lanz, Essai sur la composition des machines.

Ante la represión del ejército napoleónico los días 2 y 3 de mayo sobre los patriotas madrileños, Agustín de Betancourt zanja sus compromisos en Francia y se refugia en la embajada rusa.