Le Bureau d'audit interne effectue un contrôle interne de toutes les actions ayant des implications économiques, son principal objectif étant de vérifier leur conformité à la réglementation en vigueur. Ce service s'adresse aux instances dirigeantes de l'université, aux unités administratives, au personnel administratif et de service, ainsi qu'au personnel enseignant et de recherche. Le Bureau d'audit interne a pour ambition d'exercer ses fonctions de contrôle interne et de supervision conformément aux principes de légalité, d'économie, d'efficience et d'efficacité.