Biología molecular y estructural
(Curso Académico 2021 - 2022)
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1. Datos descriptivos de la asignatura
  • Código: 835861103
  • Centro: Escuela de Doctorado y Estudios de Postgrado
  • Lugar de impartición: Facultad de Farmacia. Facultad de Ciencias de la Salud (Sección Medicina)y Facultad de Ciencias (Secciones de Biología y Química)
  • Titulación: Máster Universitario en Biomedicina
  • Plan de Estudios: 2010 (publicado en 24-11-2011)
  • Rama de conocimiento: Ciencias de la Salud
  • Itinerario/Intensificación: Máster
  • Departamento/s:
  • Área/s de conocimiento:
    • Bioquímica y Biología Molecular
    • Química Orgánica
  • Curso: 1
  • Carácter: Obligatoria
  • Duración: Primer cuatrimestre
  • Créditos ECTS: 6,0
  • Modalidad de impartición: Presencial
  • Horario: Ver horario
  • Dirección web de la asignatura: Ver web de la asignatura
  • Idioma: Castellano e Inglés (0.3 ECTS en Inglés)
2. Requisitos para cursar la asignatura
3. Profesorado que imparte la asignatura

Profesor/a Coordinador/a: PABLO MARTIN VASALLO

General:
Nombre:
PABLO
Apellido:
MARTIN VASALLO
Departamento:
Bioquímica, Microbiología, Biología Celular y Genética
Área de conocimiento:
Bioquímica y Biología Molecular
Grupo:
Único
Contacto:
Teléfono 1:
Teléfono 2:
Correo electrónico:
pmartin@ull.es
Correo alternativo:
Tutorías primer cuatrimestre:
DesdeHastaDíaHora incialHora finalLocalizaciónPlantaDespacho
Todo el cuatrimestre Martes 11:00 14:00 Sección de Biología - AN.3A
Todo el cuatrimestre Jueves 11:00 14:00 Sección de Biología - AN.3A
Observaciones:
Tutorías segundo cuatrimestre:
DesdeHastaDíaHora incialHora finalLocalizaciónPlantaDespacho
Todo el cuatrimestre Martes 11:00 14:00 Sección de Biología - AN.3A
Todo el cuatrimestre Jueves 11:00 14:00 Sección de Biología - AN.3A
Observaciones:
General:
Nombre:
JULIO TOMAS
Apellido:
AVILA MARRERO
Departamento:
Bioquímica, Microbiología, Biología Celular y Genética
Área de conocimiento:
Bioquímica y Biología Molecular
Grupo:
Único
Contacto:
Teléfono 1:
Teléfono 2:
Correo electrónico:
javila@ull.es
Correo alternativo:
javila@ull.edu.es
Tutorías primer cuatrimestre:
DesdeHastaDíaHora incialHora finalLocalizaciónPlantaDespacho
Todo el cuatrimestre Martes 11:00 14:00 Sección de Biología - AN.3A Torre 3, 5ª planta
Todo el cuatrimestre Jueves 11:00 14:00 Sección de Biología - AN.3A Torre 3, 5ª planta
Observaciones:
Tutorías segundo cuatrimestre:
DesdeHastaDíaHora incialHora finalLocalizaciónPlantaDespacho
Todo el cuatrimestre Martes 11:00 14:00 Sección de Biología - AN.3A Torre 3, 5ª planta
Todo el cuatrimestre Jueves 11:00 14:00 Sección de Biología - AN.3A Torre 3, 5ª planta
Observaciones:
General:
Nombre:
NELIDA EMILIA
Apellido:
BRITO ALAYON
Departamento:
Bioquímica, Microbiología, Biología Celular y Genética
Área de conocimiento:
Bioquímica y Biología Molecular
Grupo:
Único
Contacto:
Teléfono 1:
Teléfono 2:
Correo electrónico:
nbrito@ull.es
Correo alternativo:
Tutorías primer cuatrimestre:
DesdeHastaDíaHora incialHora finalLocalizaciónPlantaDespacho
Todo el cuatrimestre Lunes 10:00 13:00 Sección de Biología - AN.3A Torre 3
Todo el cuatrimestre Miércoles 10:00 13:00 Sección de Biología - AN.3A Torre 3
Observaciones: Las tutorías se llevarán a cabo teniendo en cuenta las circunstancias sanitarias debidas a la COVID-19. En caso del escenario 1, se realizarán a través de correo electrónico y/o mediante plataformas de streaming.
Tutorías segundo cuatrimestre:
DesdeHastaDíaHora incialHora finalLocalizaciónPlantaDespacho
Todo el cuatrimestre Lunes 10:00 13:00 Sección de Biología - AN.3A Torre 3
Todo el cuatrimestre Miércoles 10:00 13:00 Sección de Biología - AN.3A Torre 3
Observaciones:
General:
Nombre:
JOSE MANUEL
Apellido:
PADRON CARRILLO
Departamento:
Química Orgánica
Área de conocimiento:
Química Orgánica
Grupo:
Contacto:
Teléfono 1:
922316502. Ext 6126
Teléfono 2:
Correo electrónico:
jmpadron@ull.es
Correo alternativo:
Tutorías primer cuatrimestre:
DesdeHastaDíaHora incialHora finalLocalizaciónPlantaDespacho
Todo el cuatrimestre Miércoles 10:00 12:00 Instituto Universitario de Bio-Orgánica Antonio González - AN.2A IUBO 1 P1.017
Todo el cuatrimestre Jueves 10:00 12:00 Instituto Universitario de Bio-Orgánica Antonio González - AN.2A IUBO 1 P1.017
Todo el cuatrimestre Viernes 10:00 12:00 Instituto Universitario de Bio-Orgánica Antonio González - AN.2A IUBO 1 P1.017
Observaciones: Con el fin garantizar y optimizar el tiempo de atención al alumnado, las tutorías deben solicitarse previamente por correo electrónico en la dirección jmpadron@ull.es Las tutorías serán preferentemente en línea y para ello se hará uso de Google Meet o del correo electrónico, utilizando el correo institucional ("alu") proporcionado por la ULL. El enlace Meet para tutorías estará disponible en el Aula virtual de la asignatura.
Tutorías segundo cuatrimestre:
DesdeHastaDíaHora incialHora finalLocalizaciónPlantaDespacho
Todo el cuatrimestre Miércoles 10:00 12:00 Instituto Universitario de Bio-Orgánica Antonio González - AN.2A IUBO 1 P1.017
Todo el cuatrimestre Jueves 10:00 12:00 Instituto Universitario de Bio-Orgánica Antonio González - AN.2A IUBO 1 P1.017
Todo el cuatrimestre Viernes 10:00 12:00 Instituto Universitario de Bio-Orgánica Antonio González - AN.2A IUBO 1 P1.017
Observaciones: Con el fin garantizar y optimizar el tiempo de atención al alumnado, las tutorías deben solicitarse previamente por correo electrónico en la dirección jmpadron@ull.es Las tutorías serán preferentemente en línea y para ello se hará uso de Google Meet o del correo electrónico, utilizando el correo institucional ("alu") proporcionado por la ULL. El enlace Meet para tutorías estará disponible en el Aula virtual de la asignatura.
General:
Nombre:
CELEDONIO
Apellido:
GONZALEZ DIAZ
Departamento:
Bioquímica, Microbiología, Biología Celular y Genética
Área de conocimiento:
Bioquímica y Biología Molecular
Grupo:
Único
Contacto:
Teléfono 1:
922318422
Teléfono 2:
Correo electrónico:
cglez@ull.es
Correo alternativo:
Tutorías primer cuatrimestre:
DesdeHastaDíaHora incialHora finalLocalizaciónPlantaDespacho
Todo el cuatrimestre Lunes 11:30 13:30 Sección de Biología - AN.3A Área de Bioquímica y Biol. Mol.
Todo el cuatrimestre Miércoles 11:30 13:30 Sección de Biología - AN.3A Área de Bioquímica y Biol. Mol.
Todo el cuatrimestre Viernes 11:30 13:30 Sección de Biología - AN.3A Área de Bioquímica y Biol. Mol.
Observaciones: Además de las tutorías presenciales en el despacho, también es posible asistir a tutorías en Google Meet, y no necesariamente en las horas de tutorías. Para ello será necesario concertar una cita previamente a través de correo electrónico.
Tutorías segundo cuatrimestre:
DesdeHastaDíaHora incialHora finalLocalizaciónPlantaDespacho
Todo el cuatrimestre Lunes 11:30 13:30 Sección de Biología - AN.3A Área de Bioquímica y Biol. Mol.
Todo el cuatrimestre Miércoles 11:30 13:30 Sección de Biología - AN.3A Área de Bioquímica y Biol. Mol.
Todo el cuatrimestre Viernes 11:30 13:30 Sección de Biología - AN.3A Área de Bioquímica y Biol. Mol.
Observaciones: Además de las tutorías presenciales en el despacho, también es posible asistir a tutorías en Google Meet, y no necesariamente en las horas de tutorías. Para ello será necesario concertar una cita previamente a través de correo electrónico.
4. Contextualización de la asignatura en el plan de estudio
  • Bloque formativo al que pertenece la asignatura: Formación Básica
  • Perfil profesional: Interacciones macromoleculares y relación entre compartimientos celulares, análisis molecular y estructural del fenómeno biológico.
5. Competencias

Básicas

  • CB6 - Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación
  • CB7 - Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio
  • CB8 - Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios
  • CB9 - Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones y los conocimientos y razones últimas que las sustentan a públicos especializados/no especializados de un modo claro y sin ambigüedades
  • CB10 - Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo auto dirigido o autónomo

Generales

  • CG1 - Adquirir formación avanzada, especializada y multidisciplinar orientada a las tareas de investigación científico técnicas
  • CG2 - Adquirir y demostrar conocimientos avanzados aplicables a la investigación científico técnica
  • CG3 - Conocer los aspectos teóricos y prácticos de la metodología de trabajo en investigación científico técnica
  • CG4 - Saber aplicar e integrar los conocimientos adquiridos para la resolución de problemas de carácter científico técnico
  • CG5 - Capacitar para, de forma individual o en grupo innovar metodológica o conceptualmente en el conocimiento científico técnico
  • CG6 - Desarrollar autonomía suficiente para participar en proyectos de investigación científico técnicos
  • CG7 - Transmitir claramente y sin ambigüedades, a un público especializado o no, los resultados de su trabajo y su potencial transferencia

Específicas

  • CE10 - Comprender la integración de los mecanismos operantes en los órganos y sistemas biológicos
  • CE11 - Conocer las bases moleculares de la interacción macromolecular
  • CE12 - Comprender el análisis molecular y estructural del fenómeno biológico
  • CE13 - Establecer un modelo molecular y estructural para diseñar un experimento
6. Contenidos de la asignatura

Contenidos teóricos y prácticos de la asignatura

- Profesor: Julio Tomás Ávila Marrero
- Temas (epígrafes):Replicación, recombinación, mantenimiento y reparación del DNA. En procariotes y eucariotes.

- Profesora: Nelida Brito Alayón
- Temas (epígrafes):Transcripción. En procariotes y eucariotes.

- Profesor: Celedonio González Díaz
- Temas (epígrafes):Traducción. En procariotes y eucariotes.

- Profesor: Pablo Martin Vasallo.
- Temas (epígrafes):Regulación de la expresión génica. En procariotes y eucariotes.

- Profesor: José M. Padrón.
- Temas (epígrafes):
Introducción a la proteómica. Conceptos generales. Métodos y estrategias proteómicas. Técnicas separativas en proteómica.
Técnicas de resolución estructural de proteínas: Cristalografía de rayos X, Resonancia Magnética Nuclear, otras técnicas.
Mecanismos de plegamiento de proteínas. Termodinámica y cinética del plegamiento proteico. Calorimetría. Dicroismo circular.
Motivos estructurales y dominios: relación con la función. Modificaciones post-translacionales. Metilación de ácidos nucleicos
Mecanismos enzimáticos y de transporte a través de membranas.
Estudio de la interacción proteína-proteína y proteína-molécula pequeña. Receptores y ligandos. Técnicas bioinformáticas de docking molecular.


-Prof: Julio Tomás Ávila Marrero
Replication, recombination, DNA repair. In prokaryotes and eukaryotes.
- Prof: Nelida Brito Alayón
Transcription. In prokaryotes and eukaryotes.
- Prof: Celedonio González Díaz
Translation. In prokaryotes and eukaryotes.
- Prof: Pablo Martin Vasallo.
Regulation of gene expression. In prokaryotes and eukaryotes.

- Prof. José M. Padrón.
Introduction to proteomics. General concepts. Methods and strategies in proteomics. Separation techniques in proteomics.
Protein structural resolution techniques: X-ray crystallography, nuclear magnetic resonance, other techniques.
Protein folding mechanisms. Thermodynamics and kinetics of protein folding. Calorimetry. Circular dichroism.
Structural motives and domains: relationship to function. Post-translational modifications. Nucleic acid methylation.
Enzymatic and transport mechanisms through membranes.
Study of protein-protein and protein-small molecule interaction. Receptors and ligands. Computational methods for molecular docking.
 

Actividades a desarrollar en otro idioma

En el desarrollo de las distintas actividades, se usará tanto material de apoyo audiovisual (esquemas, imágenes y videos técnicos) como bibliografía específica en lengua inglesa. Parte de los test en los exámenes también estarán en inglés.

English and Spanish all through the course.
7. Metodología y volumen de trabajo del estudiante

Descripción

Esta Guía Docente se ha desarollado para el Escenario 0 de plena presencialidad, teniendo en cuenta los criterios recogidos en el documento Criterios generales para la docencia y la evaluación durante el curso 2021-2022.

Clases teóricas: abarcarán las estrategias de enseñanza presencial desarrolladas en gran grupo. Se utilizarán para el desarrollo de actividades de tipo expositivo y/o explicativo (clases magistrales, conferencias, presentación de materiales, etc.)
Clases prácticas: destinadas a organizar actividades presenciales que requieren la transferencia de conocimientos (exposición de trabajos, resolución de problemas, etc.).
Realización de trabajos (individual/grupal)

La asignatura desarrolla la docencia principalmente de forma presencial, respetando las normas sanitarias que se establezcan. Para el desarrollo de la materia se utilizarán:
1. Asistencia a lecciones magistrales y seminarios.
2. Trabajo autónomo y tutorías a través del aula virtual.
3. Presentación de artículos científicos y discusión activa sobre los mismos.
4. Evaluaciones continuas.
5. Realización de memoria final en base al material manejado durante el curso.

En el desarrollo de las distintas actividades, se usará tanto material de apoyo audiovisual (esquemas, imágenes y videos técnicos) como bibliografía específica en lengua inglesa. Los test en los exámenes también estarán en inglés.

Dado que se utilizarán el aula virtual y otras TICs durante las clases presenciales, el alumnado debe asistir a clase con los medios necesarios para poder realizar cocexiones a red.


This Teaching Guide has been developed for Scenario 0 of full attendance, taking into account the criteria set out in the document Criterios generales para la docencia y la evaluación durante el curso 2021-2022.

Theoretical classes: they will cover face-to-face teaching strategies developed in large groups. They will be used for the development of expository and / or explanatory activities (master classes, conferences, presentation of materials, etc.)
Practical classes: aimed at organizing face-to-face activities that require the transfer of knowledge (presentation of work, problem solving, etc.).
Completion of work (individual / group)

The subject develops teaching mainly in person, respecting the established health regulations. For the development of the subject will be used:
1. Attendance at lectures and seminars.
2. Autonomous work and tutorials through the virtual classroom.
3. Presentation of scientific articles and active discussion about them.
4. Ongoing evaluations.
5. Completion of final memory based on the material handled during the course.

In the development of the different activities, both audiovisual support material (diagrams, images and technical videos) and specific bibliography in English will be used. The tests in the exams will also be in English.

Since the virtual classroom and other ICTs will be used during face-to-face classes, students must attend class with the necessary means to be able to make connections to the network.

Actividades formativas en créditos ECTS, su metodología de enseñanza-aprendizaje y su relación con las competencias que debe adquirir el estudiante

Actividades formativas Horas presenciales Horas de trabajo autónomo Total horas Relación con competencias
Clases teóricas 30,00 62,00 92,0 [CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]
Clases prácticas (aula / sala de demostraciones / prácticas laboratorio) 20,00 20,00 40,0 [CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]
Realización de seminarios u otras actividades complementarias 0,00 8,00 8,0 [CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]
Realización de exámenes 2,00 0,00 2,0 [CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]
Asistencia a tutorías 5,00 3,00 8,0 [CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6]
Total horas
Total ECTS
8. Bibliografía / Recursos

Bibliografía básica

* Puede enlazar los items de la bibliografía al buscador de la Biblioteca de la ULL
• Molecular Biology of the Cell. Alberts, Johnson, Lewis, Raff, Roberts, Walter. 4ª Edición, 2002, Garland Science.
• Genes XI, B. Lewin, 2012, Pearson.
• Molecular Biology of the Gene, 7 ed 2014, Pearson
• Revisiones recientes en Cell, Nature, Science y otras que se proveerán al comienzo del curso.
• A.M. Lesk: Introduction to protein science. , 2004, Oxford Univ.Press
• Juan A. Hermoso Domínguez y Martín Martínez-Ripoll. “Estructura de Proteínas por Cristalografía de Rayos X”. En Estructura de Proteínas. Barcelona, Ed. Ariel Ciencia.
• T.D.W. Claridge. High Resolution NMR Techniques in Organic Chemistry. Pergamon Press 2009.
• J. Cavanagh, W.J. Fairbrother, A. G. Palmer III, N. J. Skelton “Protein NMR spectroscopy: principles and practice” Academic Press 1996
• J. Cavanagh, W.J. Fairbrother, A. G. Palmer III, N. J. Skelton, M. Rance “Protein NMR spectroscopy: principles and practice” second edition Academic Press 2007
• K. Wüthrich “NMR of proteins and nucleic acids” John Wiley 1986
• Andrew R. Leach Molecular Modelling: Principles and Applications
• Ed. Prentice Hall 2nd  ED.

Bibliografía complementaria

• Curso de Cristalografia en web. Página del Departamento de Cristalografia del Instituto de Química-Física “Rocasolano” (CSIC): http://www.xtal.iqfr.csic.es/Cristalografia/index.html
• Nat. Struct. Biol. (1997), 4, 841-865 ( NMR supplement I).
• Nat. Struct. Biol. (1998), 5, 492-522 ( NMR supplement II).
• M. Sattler, Schleucher, C. Griesinger.  Progress NMR Spectroscopy (1999), 34, 93-158.
• K. Wüthrich. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. (2003), 42, 3340-3363 (Nobel lecture).

Otros recursos

9. Sistema de evaluación y calificación

Descripción

Las partes de Biología Molecular y Biología Estructural se evaluaran por separado y deberán ser superadas ambas por separado. Cada una de estas partes tiene igual valor (50%) y, por consiguiente se corresponderá con la mitad de cada parte de la Estrategia evaluativa.

Pruebas de desarrollo: 30 %, control de la asistencia y participación activa durante el desarrollo de la asignatura.
Biología Molecular: 35%, control de 24 preguntas test de respuesta única entre 4 posibles respuestas. Cada tres respuestas incorrectas se resta una correcta.
Biología Estructural: Pruebas de respuesta corta: 35 %. prueba de resolución de resultados experimentales haciendo uso de las técnicas estructurales presentadas. Incluye una exposición oral donde se valorará: estructura del trabajo, calidad de la documentación y la exposición.

Molecular Biology and Structural Biology will be evaluated separately.
30% classroom atendance.
35% MB- test 24 questions, only one correct answer.
35% SB- analysis of experimental results of studied techniques and oral presentation.

Estrategia Evaluativa

Tipo de prueba Competencias Criterios Ponderación
Pruebas objetivas [CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6] Tipo test de 24 preguntas
con una respuesta correcta
entre cuatro. Las respuestas
contestadas correctamente
valen un punto, las no
respondidas cero. Cada tres
respuestas mal contestadas,
se restará una correcta.
35,00 %
Pruebas de respuesta corta [CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1] Prueba de resolución de resultados experimentales de espectros RMN o de otro tipo de técnicas estudiadas. 35,00 %
Pruebas de desarrollo [CE13], [CE12], [CE11], [CE10], [CG7], [CG6], [CG5], [CG4], [CG3], [CG2], [CG1], [CB10 ], [CB9 ], [CB8], [CB7], [CB6] Asistencia a lecciones en aula con participación activa en discusiones. 30,00 %
10. Resultados de Aprendizaje
Saber integrar los mecanismos operantes en los órganos y sistemas biológicos
Demostrar que conoce las bases moleculares de la interacción macromolecular
Demostrar que sabe hacer un análisis molecular y estructural correcto del fenómeno biológico
Ser capaz de establecer un modelo molecular y estructural para diseñar un experimento.


1. Student habilitation for a better understanding of their own specialty
2. Student habilitation for comprehension of the biological complexity
3. Student habilitation for molecular and structural analysis of biological, medical o biotechnological fact.
4. Student habilitation for the establishment of biological, medical o biotechnological models able to explain or design a given experiment or phenomenon.
11. Cronograma / calendario de la asignatura

Descripción

* La distribución de los temas por semana es orientativo, puede sufrir cambios según las necesidades de organización docente.

Primer cuatrimestre

Semana Temas Actividades de enseñanza aprendizaje Horas de trabajo presencial Horas de trabajo autónomo Total
Semana 1: Técnicas de resolución estructural.
Biología estructural computacional.
Clases Teóricas 18.00 30.00 48.00
Semana 2: Estudio de la interacción proteína-molécula pequeña.
Replicación, recombinación, mantenimiento y reparación del DNA.
Transcripción
Clases Teóricas 17.00 30.00 47.00
Semana 3: Traducción.
Regulación de la expresión génica.
Clases Teóricas 17.00 30.00 47.00
Semana 4: Examen Examen 5.00 3.00 8.00
Total 57.00 93.00 150.00
Fecha de última modificación: 05-07-2021
Fecha de aprobación: 05-07-2021