La protéomique et les autres analyses omiques à haut débit sont fondamentales pour la recherche en sciences de la vie et ont atteint des niveaux de complexité sans précédent. Afin de simplifier l'interprétation des résultats complexes, le Service d'analyse des données omiques a été créé au sein du Service de protéomique de l'ITB. Les analyses sont réalisées à l'aide de plateformes open source (MaxQuant et Perseus), qui intègrent tous les outils nécessaires à l'analyse statistique, à l'exportation des données vers d'autres outils en ligne gratuits (String, Panther) et même à leur préparation pour publication. Les analyses de base comprennent :
- Études de l'expression différentielle et de sa représentation sous forme de volcan.
- Études de corrélation/reproductibilité, analyse en composantes principales et catégorisation hiérarchique.
- Études d'enrichissement de catégories (ontologie génétique) incluant : voies métaboliques ; signalisation cellulaire ; localisation cellulaire, etc.
- Identification et quantification des modifications post-traductionnelles, y compris les études de motifs de phosphorylation et la prédiction de l'activation des kinases.
- Études complexes incluant la dynamique temporelle et l'identification des modèles d'expression ou les essais sur population utilisant l'intelligence artificielle (analyse par machine d'apprentissage).
Prestation de services
Phase initiale : idéalement, nous préférons contribuer à la conception expérimentale et discuter de la méthodologie de traitement des échantillons et d'analyse instrumentale la mieux adaptée à chaque cas.
Phase de développement : Nous effectuons une analyse préliminaire et discutons des données avec les chercheurs. Nous définissons les objectifs et les analyses à réaliser.
Phase d'exécution : Nous procédons à une analyse approfondie, générons des graphiques des résultats et tirons des conclusions. Ce processus repose sur une communication continue entre le ou les chercheurs et l'analyste de données.