El departamento de Química es el responsable de organizar, desarrollar y coordinar las enseñanzas propias de sus áreas de conocimiento. Asimismo es el encargado de apoyar la actividad investigadora de sus grupos de investigación. Se constituyó como tal en el año 2014 tras la fusión de los antiguos departamentos de Química Analítica, Química Inorgánica y Química Física. Su sede física está situada en edificio de la Sección de Química del Campus de Anchieta. Actualmente imparte docencia en la Facultad de Ciencias, Facultad de Farmacia, Facultad de Bellas Artes y Escuela Superior de Ingeniería y Tecnología. Asimismo, participa activamente en la docencia de posgrados universitarios y en el programa de doctorado en Química e Ingeniería Química.