Le programme doctoral suit les directives de l'article 11, Encadrement et suivi des doctorants, du Décret Royal 99/2011 et du Règlement des Études Doctorales Officielles de l'ULL, qui dans ses articles 14, 15 et 16 décrit la composition du Comité Académique du programme doctoral et ses fonctions, qui incluent l'encadrement et le suivi des doctorants pendant leur formation doctorale.
Le comité académique du programme doctoral sera composé de six professeurs, deux pour chacun des trois axes de recherche du programme.
L'un d'eux agira en tant que coordinateur académique, en remplissant les exigences établies dans le décret royal et dans le règlement de l'ULL, et un autre agira en tant que secrétaire de la commission académique. De même, l’article 23 du Règlement décrit les modalités prévues par le programme doctoral pour l’encadrement et le suivi du doctorant durant sa formation doctorale. Outre l'affectation du tuteur, les délais établis pour ladite affectation, ainsi que la procédure établie pour la modification de cette affectation, conformément à l'article 10 du Règlement de l'ULL, points 5, 6 et 7, le Comité Académique du programme doctoral assurera une répartition adéquate et proportionnée des doctorants entre les lignes de recherche qui composent le programme doctoral et les directeurs, en établissant une série de limitations afin d'éviter l'accumulation de travaux sous la même ligne et direction, l'allongement excessif de la thèse de doctorat pour des raisons indépendantes de la volonté des étudiants, ou le manque de publications basées sur les résultats de la thèse.
En particulier, une fois l'étudiant admis, le Comité Académique lui attribuera un tuteur parmi les professeurs faisant partie du programme, en tenant compte de la formation académique de l'étudiant et de ses préférences en matière de lignes de travail. Dans un délai n'excédant pas un mois à compter de l'inscription, le Comité attribuera à l'étudiant un directeur de thèse qui pourra ou non coïncider avec le tuteur et qui sera un professeur du programme de doctorat.
Chaque thèse de doctorat inscrite au programme doit avoir un directeur ou un codirecteur. Dans tous les cas, l'activité de recherche du directeur ou du codirecteur doit s'inscrire dans l'un des axes de recherche du programme doctoral.
En ce qui concerne la procédure utilisée pour contrôler le registre des activités de chaque doctorant et la certification de ses données, le programme propose, en fonction de l'activité de formation en question, que ce soit le Tuteur ou le Directeur, ou les deux, qui collectent ces informations et les envoient au Comité Académique du programme pour être certifiées, puisque selon l'article 15, paragraphe e) du Règlement de l'ULL, il s'agit dudit comité qui a pour fonction d'évaluer annuellement le Plan de Recherche et le Plan de Formation contenus dans le document d'activité de chaque étudiant du programme dans les délais établis à cet effet. De même, le comité devra approuver l'octroi de séjours aux doctorants dans d'autres centres nationaux et internationaux, de co-directions et de mentions européennes, selon la Procédure de demande de Mention Internationale dans une thèse de doctorat à l'ULL.