El Departamento de Química Orgánica es el órgano encargado de organizar, desarrollar y coordinar las enseñanzas propias del área de conocimiento adscrita al mismo. Imparte docencia en las Secciones de Química y Biología, en la Facultad de Farmacia, en la Escuela Politécnica Superior de Ingeniería y en la Escuela Superior de Ingeniería y Tecnología. También imparte docencia de posgrado en los Másteres Universitarios en Química, en Biomedicina, en Gestión e Innovación Tecnológica en la Construcción y en el de Biología Marina: Biodiversidad y Conservación, así como en el Máster Interuniversitario en Formación del Profesorado de Educación Secundaria Obligatoria y Bachillerato, Formación Profesional y Enseñanzas de Idiomas. Además, participa en el Programa de Doctorado de Química e Ingeniería Química. El Departamento de Química Orgánica también es el órgano encargado de apoyar la actividad investigadora de sus miembros. Esta labor se lleva a cabo principalmente en el Instituto Universitario de Bio-orgánica Antonio González y en el Instituto de productos Naturales y Agrobiología del CSIC.