Le programme de doctorat en Biodiversité et Conservation suit les directives de l'article 11 (Encadrement et suivi des doctorants) du Décret royal 99/2011 et du Règlement officiel des études doctorales de l'ULL, qui, dans ses articles 14, 15 et 16, décrit la composition du Comité académique du programme doctoral et ses fonctions, notamment l'encadrement et le suivi des doctorants pendant leur formation doctorale. Le Comité académique du programme doctoral officiel sera composé d'un maximum de sept professeurs et/ou chercheurs du programme, dont le coordinateur académique, qui en assurera la présidence et qui répond aux exigences du Décret royal et du Règlement de l'ULL.

De même, l'article 23 du Règlement décrit les procédures établies par le programme doctoral pour l'encadrement et le suivi des doctorants durant leur formation doctorale. Outre l'affectation d'un tuteur, les délais fixés pour cette affectation et la procédure de modification de cette affectation, conformément à l'article 10 du Règlement de l'ULL, points 5, 6 et 7, le Comité académique du programme doctoral veillera à une répartition appropriée et proportionnée des doctorants entre les axes de recherche composant le programme doctoral et leurs directeurs de thèse, en établissant une série de limitations afin d'éviter l'accumulation de travaux sous un axe et une direction uniques, un allongement excessif de la durée de la thèse pour des raisons indépendantes de la volonté des étudiants, ou l'absence de publications basées sur les résultats de la thèse.

Concernant la procédure de suivi du carnet d'activité de chaque doctorant et de certification de ses données, le tuteur ou le directeur, ou les deux, collectent ces informations et les transmettent au comité académique du programme via l'application RAPI pour reporting et certification. Conformément à l'article 15 du règlement de l'ULL, ce comité est chargé d'évaluer chaque année le plan de recherche et le plan de formation (activités de formation), qui contiennent le document d'activité de chaque doctorant, dans les délais impartis. Ce comité doit également approuver les séjours prévus des doctorants dans d'autres centres nationaux et internationaux, les cotutelles et les mentions internationales, conformément à la procédure de demande de mention internationale pour une thèse de doctorat à l'ULL.