El programa de doctorado en Biodiversidad y Conservación sigue las directrices del artículo 11, Supervisión y seguimiento del doctorando del Real Decreto 99/2011 y del Reglamento de Enseñanzas Oficiales de Doctorado de la ULL que en sus artículos 14, 15 y 16 describe la composición de la Comisión Académica del programa de doctorado y sus funciones, entre las que se cuenta la supervisión y seguimiento del doctorando durante su formación doctoral. La Comisión Académica del programa oficial de doctorado estará compuesta por un máximo de siete profesores y/o investigadores del programa, incluyendo al coordinador académico, que ejercerá como presidente de esta y que cumple los requisitos requeridos tanto en el Real Decreto como en el Reglamento de la ULL.
Asimismo, dicho Reglamento en su artículo 23, describe los procedimientos previstos por el programa de doctorado para la supervisión y el seguimiento del doctorando durante su formación doctoral. Además de la asignación del tutor, los plazos establecidos para dicha asignación, así como el procedimiento establecido para la modificación de esta asignación, según el Artículo 10 del Reglamento de la ULL, puntos 5, 6 y 7, la Comisión Académica del programa de doctorado procurará una distribución adecuada y proporcionada de los estudiantes de doctorado entre las líneas de investigación que componen el programa de doctorado y los directores, estableciendo una serie de limitaciones a la hora de evitar la acumulación de trabajos bajo una misma línea y dirección, el excesivo alargamiento en la realización de la tesis doctoral por causas ajenas al alumnado, o la falta de publicaciones basadas en los resultados de la tesis.
Respecto al procedimiento utilizado para el control del registro de actividades de cada doctorando y la certificación de sus datos, el Tutor o el Director o en su caso ambos, recogen esta información y la hacen llegar a la Comisión Académica del programa a través de la aplicación RAPI para que sea informada y certificada, ya que según el artículo 15 del Reglamento de la ULL es dicha comisión la que tiene la función de evaluar anualmente el Plan de investigación y el Plan de Formación (Actividades Formativas) que contiene el documento de actividades de cada estudiante del programa en los plazos establecidos para ello. Asimismo, dicha comisión debe aprobar la previsión de estancias de los doctorandos en otros centros, nacionales e internacionales, co-tutelas y menciones internacionales, según el Procedimiento para solicitar la Mención Internacional en una tesis doctoral de la ULL.