La colección de impresos del S.XVI está compuesta por aproximadamente ochocientos volúmenes de las más variadas materias, aunque predominan la religión, la filosofía y el derecho, también están representadas la medicina, la geografía, las matemáticas, la historia natural o la farmacopea.
Entre las obras religiosas se conservan ocho Biblias: un ejemplar impreso en Lyon en 1599 bajo los auspicios de Benito Arias Montano ; una hebrea impresa en Basilea en 1539 ; entre las griegas destacan la impresa en Basilea, París y Roma en , en 1545, 1546 y 1587 respectivamente, y las cinco restantes latinas impresas en Frankfurt, Amberes, Lyon, Roma y Colonia entre 1566 y 1592. Además entre estos los libros custodiamos un pequeño impreso titulado Horae in laudem beatissimae virginis Mariae secundum consuetudinem Romanae Curiae impreso por Thielmann Kerver II, en París en 1547.
Cabe destacar entre los textos científicos el notable ejemplar Egidius de urinis [et] pulsibus. Petrus Leo de urinis, impreso en Venecia en 1514; el Theatrum Orbis de Abraham Ortelio impreso en Amberes en 1595; o la traducción de la obra de Dioscórides Acerca de la materia medicinal, por Andrés de Laguna, impresa en Salamanca en 1586.
La digitalización de gran parte de la colección puede consultarse en Patrimonio Lacunense o en enlaces a otras instituciones