Instituto de Tecnologías Biomédicas

Variación genética y enfermedad

INVESTIGADOR RESPONSABLE

Carlos Flores Infante, PhD

Investigador contratado del SCS/FIISC; Unidad de Investigación, HUNSC – Unidad de Genómica del Instituto Tecnológico y de Energías Renovables

INVESTIGADORES DOCTORES

  • Itahisa Marcelino Rodríguez, PhD (Profesora Ayudante Doctora; Departamento de  Obstetricia y Ginecología, Pediatría, Medicina Preventiva y Salud Pública,  Toxicología, Medicina Legal y Forense y Parasitología, ULL – Investigadora Unidad  de Investigación HUNSC)

COLABORADORES DOCTORES EXTERNOS

  • Laura Ciuffreda, PhD (Investigadora contratada proyecto ECDC, FIISC-HUNSC)
  • Julia Alcoba Florez, PhD (Supervisora de la Unidad de Microbiología, HUNSC)
  • Ariel Callero Viera, PhD (Médico Especialista en Alergología, HUNSC)
  • Victor García Olivares, PhD (Investigador contratado proyecto UDIGEN, ITER)
  • Rafaela Gonzaléz Montelongo, PhD (Responsable del Laboratorio de Genómica del  Área de Genómica, ITER)

ESTUDIANTES DE DOCTORADO, BECARIOS E INVESTIGADORES EN FORMACIÓN:

  • Beatriz Guillén Guío (Programa Doctorado Ciencias de la Salud ULL. Beca Agencia  Canaria de Investigación, Innovación y Sociedad de la Información, ACIISI, TESIS2015010057, FIISC, tesis defendida el 06/02/2020) 
  • José M. Lorenzo Salazar (Programa Doctorado Ciencias de la Salud ULL. Coordinador de Área, División de Genómica, ITER) 
  • Natalia Hernández Pacheco (Programa Doctorado Ciencias de la Salud ULL,  HUNSC, tesis defendida el 05/02/2021) 
  • Ana Díaz de Usera (Programa Doctorado Ciencias de la Salud ULL. FPU 16/01435,  Ministerio de Educación, Cultura y Deportes, ITER, 2017-2022) 
  • Alejandro Mendoza Álvarez (Programa Doctorado Ciencias Médicas y  Farmacéuticas, Desarrollo y Calidad de Vida ULL. Beca Agencia Canaria de  Investigación, Innovación y Sociedad de la Información, ACIISI, FIISC, 2017-2022) 
  • Tamara Hernández Beeftink (Programa Doctorado Ciencias de la Salud ULL. PFIS  FI17/00177, ISCIII, HUNSC-HUGCDN, 2018-2021) 
  • Héctor Rodríguez Pérez (Programa Doctorado Ingeniería Industrial, Informática y  Medioambiental ULL, PFIS FI18/00230, ISCIII, 2018-2023) 
  • Eva Tosco Herrera (Programa Doctorado Ciencias Médicas y Farmacéuticas,  Desarrollo y Calidad de Vida ULL. Beca Agencia Canaria de Investigación,  Innovación y Sociedad de la Información, ACIISI, 2021-2025) 
  • Eva Suárez Pajés (Programa Doctorado Ciencias de la Salud ULL, ITER, 2021-2025)
  • Arturo José Pedrero García (Programa Doctorado Ciencias de la Salud ULL, ITER,  2017-2022) 
  • Adrián Muñoz Barrera (Servicio de Análisis Masivo de Datos Genómicos,  CGIEU0000219140. Cabildo Insular de Tenerife, División de Genómica ITER)
  • Luis Alberto Rubio Rodríguez (Servicio de Análisis Masivo de Datos Genómicos,  CGIEU0000219140. Cabildo Insular de Tenerife, División de Genómica ITER)
  • David Jáspez Toledo (Proyecto UDIGEN, Ministerio de Ciencia, Innovación y  Universidades, RTC-2017-6471-1) 

PERSONAL TÉCNICO O DE GESTIÓN:

  • Almudena Corrales Moreno (Técnica, SCS/FIISC, Unidad de Investigación, HUNSC)
  • Antonio Íñigo Campos (Técnico, División de Genómica, ITER)
  • Josmar Salas Hernández (Técnica contratada proyecto ECDC, FIISC)
  • Julia Rodríguez Núlez (Técnica contratada proyecto ECDC, FIISC)

LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN

Este equipo de investigación está compuesto por investigadores del HUNSC y de la  División de Genómica del Instituto Tecnológico y de Energías Renovables (ITER). Sus  principales objetivos para los próximos años son: 

  • Identificar loci genéticos involucrados en la susceptibilidad y los resultados de  enfermedades prevalentes (alérgicas, respiratorias, infecciosas e inmunológicas,  entre otras) y no prevalentes (principalmente respiratorias e inmunológicas). 
  • Investigar más a fondo el origen de las poblaciones ancestrales de los canarios y  aprovechar su mezcla característica para ayudar en la identificación de alelos de  enfermedades y presiones selectivas. 
  • Identificar biomarcadores para un mejor pronóstico en cuidados intensivos (copias  de ADN mitocondrial periférico y microbioma pulmonar, entre otros).
  • Mejorar el rendimiento diagnóstico en enfermedades concretas mediante el  desarrollo de herramientas bioinformáticas y aplicaciones basadas en  secuenciación de última generación, y ayudar a desarrollar recursos de medicina  genómica adaptados a la especificidad poblacional de Canarias, como catálogo de  diversidad genética, mezcla, endogamia y aislamiento, entre otros. 

PROYECTOS FINANCIADOS

  • Desarrollo de una Unidad de Diagnóstico Genómico (UDIGEN, RTC-2017-6471-1).  IP: Carlos Flores. Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. (2018-2021,  904.828,99 €) 
  • Multiómica para la identificación de predictores genéticos de supervivencia en  pacientes con sepsis (PI17/00610). IP: Carlos Flores. Instituto de Salud Carlos III  (2018-2020, 99.220 €) 
  • Evaluación funcional de variantes asociadas y análisis genómicos complementarios  para identificar genes implicados en el síndrome de distrés respiratorio agudo  (PI20/00876). IP: Carlos Flores. Instituto de Salud Carlos III (2021-2023, 159.720 €) 
  • Pulmonary dysbiosis and early prognosis in patients with sepsis: towards a real time assessment (PIFUN48/18). IP: Carlos Flores. Fundación Canaria Instituto de  Investigación Sanitaria de Canarias (2019-2020, 21.863,50 €) 
  • Modificadores clínicos y genéticos de la gravedad de la COVID-19 en pacientes con  asma (PIFIISC20/57). IP: Carlos Flores, Ariel Callero Viera. Fundación Canaria  Instituto de Investigación Sanitaria de Canarias (2021-2022, 18.116,51 €) 
  • Ascendencia genómica en las poblaciones humanas de Canarias: mezcla africana,  adaptación al ambiente e implicaciones en salud (2018PATRI20). IP: Carlos Flores. Fundación CajaCanarias (2019-2022, 29.475 €) 
  • Facility for the Massive Analysis of Genomic Data (Cabildo de Tenerife,  CGIEU0000219140). Contrato: 2.700.000 € (2018-2022). IP: Carlos Flores 
  • Acuerdo de colaboración para contribuir al fortalecimiento de la educación,  formación, investigación, desarrollo e innovación científica y tecnológica en  genómica, medicina personalizada y biotecnología (OA17/008). IP: Carlos Flores.  Instituto Tecnológico y de Energías Renovables (2017-2020, 320.000 €) 
  • Identificación de nuevos factores genéticos implicados en Angioedema Hereditario  mediante la utilización de técnicas genómicas de alto rendimiento (PIFIIS19/48). IP:  Itahisa Marcelino. Fundación Canaria Instituto de Investigación Sanitaria de  Canarias, FIISC (01/2020 – 01/2022, 26.306,26 €)
  • ProCIBERdexa: Proyecto multidisciplinar CIBER para optimizar la dosis de  dexametasona en pacientes con insuficiencia respiratoria (IC20/00062). IP: Jesús  Villar Hernández (Carlos Flores coordinador del subproyecto 3). Instituto de Salud  Carlos III (2021-2023) 
  • Enhancing Whole Genome Sequencing (WGS) and/or Reverse Transcription  Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) national infrastructures and capacities to  respond to the Covid-19 pandemic in Spain (ECDC/HERA/2021/024 ECD.12241). IP:  Inmaculada Casas (Carlos Flores IP para las Islas Canarias). European Centre for  Disease Prevention and Control (2021-2022, 5.484.986 € – 237.962 € for the Canary  Islands)
  •  iDATA-MP. Programa de Ciencia de Datos de IMPaCT (IMP/00019). IP: Alfonso  Valencia Herrera (Carlos Flores IP para las Islas Canarias). Instituto de Salud Carlos  III. 2021-2023. 4.549.380 €)

PUBLICACIONES 2020-21

  • Zhang Q, Liu Z, Moncada-Velez M, …, Flores C…, …, Wilkerson MD, Zhang X. Inborn  errors of type I IFN immunity in patients with life-threatening COVID-19. Science.  2020 Oct;370(6515):eabd4570. DOI: 10.1126/science.abd4570 
  • Bastard P, Rosen LB, Zhang Q, …, Flores C, …, Sua HC, Casanovaa J-L.  Autoantibodies against type I IFNs in patients with life-threatening COVID-19.  Science. 2020 Oct;370(6515):eabd458. DOI: 10.1126/science.abd4585 
  • Alcoba-Florez J, Gil-Campesino H, Artola DG-MD, González-Montelongo R, Valenzuela-Fernández A, Ciuffreda L, Flores C. Sensitivity of different RT-qPCR  solutions for SARS-CoV-2 detection. Int J Infect Dis. 2020 Oct;99:190-192. DOI:  10.1016/j.ijid.2020.07.058 
  • King C, McKenna A, Farzan N, …, Flores C, Hernandez-Pacheco N, …, Sinha I,  Hawcutt DB. Pharmacogenomic associations of adverse drug reactions in asthma:  systematic review and research prioritisation. Pharmacogenomics J. 2020  Oct;20(5):621-628. DOI: 10.1038/s41397-019-0140-y 
  • Alcoba-Florez J, González-Montelongo R, Íñigo-Campos A, de Artola DG,Gil Campesino H, The Microbiology Technical Support Team, Ciuffreda L, Valenzuela Fernández A, Flores C. Fast SARS-CoV-2 detection by RT-qPCR in preheated  nasopharyngeal swab samples. Int J Infect Dis. 2020 Aug;97:66-68. DOI  10.1016/j.ijid.2020.05.099 
  • Guillen-Guio B, Lorenzo-Salazar JM, Ma SF, Hou PC, Hernandez-Beeftink T, Corrales  A, García-Laorden MI, Jou J, Espinosa E, Muriel A, Domínguez D, Lorente L, Martín  MM, Rodríguez-Gallego C, Solé-Violán J, Ambrós A, Carriedo D, Blanco J, Añón JM,  Reilly JP, Jones TK, Ittner CAG, Feng R, Schöneweck F, Kiehntopf M, Noth I, Scholz  M, Brunkhorst FM, Scherag A, Meyer NJ, Villar J, Flores C. Genome-wide  association study of sepsis-associated acute respiratory distress syndrome in  individuals of European ancestry. Lancet Respir Med. 2020 Mar;8(3):258-266. DOI:  10.1016/S2213-2600(19)30368-6
  • Allen RJ, Guillen-Guio B, Oldham JM, Ma SF, Dressen A, Paynton ML, Kraven L,  Obeidat M, Li X, Ng M, Braybrooke R, Molina-Molina M, …, Flores C, Noth I,  Jenkins RG, Wain LV. Genome-wide association study of susceptibility to idiopathic  pulmonary fibrosis. Am J Respir Crit Care Med. 2020 Mar;201(5):564-574. DOI:  10.1164/rccm.201905-1017OC 
  • Mendoza-Alvarez A, Muñoz-Barrera A, Rubio-Rodríguez LA, Marcelino-Rodriguez I,  …, Lorenzo-Salazar JM, Flores C. Interactive web-based resource for annotation of  genetic variants causing hereditary angioedema (HADA): Database development,  implementation, and validation. J Med Internet Res. 2020 Oct;22(10):e19040. DOI:  10.2196/19040 
  • De Usera AD, Lorenzo-Salazar JM, Rubio-Rodríguez LA, Muñoz-Barrera A,Guillen Guio B, Marcelino-Rodríguez I, García-Olivares V, Mendoza-Alvarez A, Corrales A, Íñigo-Campos A, González-Montelongo R, Flores C. Evaluation of whole-exome  enrichment solutions: Lessons from the high-end of the short-read sequencing  scale. J Clin Med. 2020 Nov;9(11):3656. DOI: 10.3390/jcm9113656 
  • Guillen-Guio B, Hernández-Beeftink T, Marcelino-Rodríguez I, Rodriguez-Perez H,  Lorenzo-Salazar JM, Espinilla-Pena M, Corrales A, Pino-Yanes M, Callero A, Perez Rodriguez E, Villar J, González-Montelongo R, Flores C. Less Admixture mapping of  asthma in southwestern Europeans with North African ancestry influences. Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol. 2020 May;318(5):L965-L975. DOI:  10.1152/ajplung.00344.2019 
  • Rodríguez Pérez MDC, Chines C, Pedrero García AJ, Sousa D, Cuevas Fernández FJ, Marcelino-Rodríguez I, Domínguez Coello S, Cabrera De León A. Major  amputations in type 2 diabetes between 2001 and 2015 in Spain: Regional  differences. BMC Public Health. 2020 Jan;20(1):54. DOI: 10.1186/s12889-019-8137- 7 
  • Sancho-Shimizu V, Brodin P, Cobat A, …, Flores C, …, Su HC, Notarangelo LD. SARS CoV-2-related MIS-C: A key to the viral and genetic causes of Kawasaki disease? J Exp Med. 2021 Jun;218(6):e20210446. DOI: 10.1084/jem.20210446 
  • Ciuffreda L, Rodríguez-Pérez H, Flores C. Nanopore sequencing and its application  to the study of microbial communities. Comput Struct Biotechnol J. 2021  Mar;19:1497-1511. DOI: 10.1016/j.csbj.2021.02.020
  • Suarez-Pajes E, Díaz-De Usera A, Marcelino-Rodríguez I, Guillen-Guio B, Flores C.  Genetic ancestry inference and its application for the genetic mapping of human  diseases. Int J Mol Sci. 2021 Jun;22(13):6962. DOI: 10.3390/ijms22136962
  • Casares-Marfil D, Guillen-Guio B, Lorenzo-Salazar JM, Rodríguez-Pérez H, Kerick M, Jaimes-Campos MA, Díaz ML, Estupiñán E, Echeverría LE, González CI, Martín J, Flores C. Admixture mapping analysis reveals differential genetic ancestry  associated with Chagas disease susceptibility in the Colombian population. Hum Mol Genet. 2021 Nov 30;30(24):2503-2512. DOI: 10.1093/hmg/ddab213 
  • Suarez-Pajes E, Díaz-García C, Rodríguez-Pérez H, Lorenzo-Salazar JM, Marcelino Rodríguez I, Corrales A, Zheng X, Callero A, Perez-Rodriguez E, Garcia-Robaina JC, González-Montelongo R, Flores C. Targeted analysis of genomic regions enriched in  African ancestry reveals novel classical HLA alleles associated with asthma in  Southwestern Europeans. Sci Rep. 2021 Dec;11(1):23686. DOI: 10.1038/s41598- 021-02893-w 
  • Jesús Villar, Rubén Herrán-Monge, Elena González-Higueras, Miryam Prieto González, Alfonso Ambrós, Aurelio Rodríguez-Pérez, Arturo Muriel-Bombín,  Rosario Solano, Cristina Cuenca-Rubio, Anxela Vidal, Carlos Flores, Jesús M.  González-Martín, M. Isabel García Laorden, Genetics of Sepsis (GEN-SEP) Network.  Clinical and biological markers for predicting ARDS and outcome in septic patients.  Sci Rep. 2021 Nov;11(1):22702. DOI: 10.1038/s41598-021-02100-w 
  • Víctor García-Olivares, Adrián Muñoz-Barrera, José M. Lorenzo-Salazar, Carlos  Zaragoza-Trello, Luis A. Rubio-Rodríguez, Ana Díaz-de Usera, David Jáspez, Antonio  Iñigo-Campos, Rafaela González-Montelongo, Carlos Flores. A benchmarking of  human mitochondrial DNA haplogroup classifiers from whole-genome and whole exome sequence data. Sci Rep. 2021 Oct;11(1):20510. DOI: 10.1038/s41598-021- 99895-5
  • Alejandro Mendoza-Alvarez, Itahisa Marcelino-Rodriguez, Lourdes Almeida Quintana, Elena Martin-Fernandez, Dara Martinez-Beltran, Zulay Almeida-Sanchez,  David Cruz-Niesvara, Guacimara Hernández-Santana, Jose C. Garcia-Robaina,  Carlos Flores, Ariel Callero. First census of patients with hereditary angioedema in  the canary islands. J Clin Med. 2021 Oct;10(20):4711. DOI: 10.3390/jcm10204711 
  • Tamara Hernández-Beeftink, Beatriz Guillen-Guio, Héctor Rodríguez-Pérez, Itahisa  Marcelino-Rodríguez, Jose M. Lorenzo-Salazar, Almudena Corrales, Miryam Prieto González, Aurelio Rodríguez-Pérez, Demetrio Carriedo, Jesús Blanco, Alfonso  Ambrós, Elena González-Higueras, Nancy G. Casanova, Manuel González-Garay,  Elena Espinosa, Arturo Muriel, David Domínguez, Abelardo García de Lorenzo, José  M. Añón, Marina Soro, Javier Belda, Joe G. N. Garcia, Jesús Villa, Carlos Flores, on  behalf of the Genetics of Sepsis (GEN-SEP) Network. Whole-Blood Mitochondrial  DNA Copies Are Associated With the Prognosis of Acute Respiratory Distress  Syndrome After Sepsis. Front Immunol. 2021 Sep;12:737369. DOI:  10.3389/fimmu.2021.737369
  • Bastard P, Gervais A, Voyer TL, …, Flores C, …, Perroquin M, Hamzeh-Cognasse H.  Autoantibodies neutralizing type I IFNs are present in ~4% of uninfected individuals  over 70 years old and account for ~20% of COVID-19 deaths. Sci Immunol. 2021  Aug;6(62):eabl4340. DOI: 10.1126/sciimmunol.abl4340
  • Asano T, Boisson B, Onodi F, …, Flores C, …, Zhang Q, Casanova, J-L. X-linked  recessive TLR7 deficiency in ~1% of men under 60 years old with life-threatening  COVID-19. Sci Immunol. 2021 Aug;6(62):eabl4348. DOI:  10.1126/sciimmunol.abl4348 
  • Planas-Cerezales L, Arias-Salgado EG, Berastegui C, Montes-Worboys A, González Montelongo R, Lorenzo-Salazar JM, Vicens-Zygmunt V, Garcia-Moyano M, Dorca J,  Flores C, Perona R, Román A, Molina-Molina M. Lung Transplant Improves Survival  and Quality of Life Regardless of Telomere Dysfunction. Front Med. 2021  Jul;8:695919. DOI: 10.3389/fmed.2021.695919 
  • Rodríguez-Pérez H, Ciuffreda L, Flores C. NanoCLUST: a species-level analysis of 16S  rRNA nanopore sequencing data. Bioinformatics. 2021 Jul;37(11):1600-1601. DOI:  10.1093/bioinformatics/btaa900 
  • Hernandez-Pacheco N, Vijverberg SJ, Herrera-Luis E, Li J, Sio YY, Granell R, Corrales  A, Maroteau C, Lethem R, Perez-Garcia J, Farzan N, Repnik K, Gorenjak M, Soares P,  Karimi L, Schieck M, Pérez-Méndez L, Berce V, Tavendale R, Eng C, Sardon O,  Mukhopadhyay S, Pirmohamed M, Verhamme KMC, Burchard EG, Kabesch M,  Hawcutt DB, Melén E, Potočnik Ul, Chew FT, Tantisira KG, Turner S, Palmer CN,  Flores C, Pino-Yanes M, Maitland-Van der Zee AH. Genome-wide association study  of asthma exacerbations despite inhaled corticosteroid use. Eur Respir J. 2021  May;57(5):2003388. doi: 10.1183/13993003.03388-2020 
  • Alcoba-Florez J, Gil-Campesino H, García-Martínez de Artola D, Díez-Gil O, Valenzuela-Fernández A, González-Montelongo R, Ciuffreda L, Flores C. Increasing  SARS-CoV-2 RT-qPCR testing capacity by sample pooling. Int J Infect Dis. 2021  Feb;103:19-22. DOI: 10.1016/j.ijid.2020.11.155 
  • Hernandez-Pacheco N, Gorenjak M, Li J, Repnik K, Vijverberg SJ, Berce V, Jorgensen  A, Karimi L, Schieck M, Samedy-Bates L, Tavendale R, Villar J, Mukhopadhyay S,  Pirmohamed M, Verhamme KMC, Kabesch M, Hawcutt DB, Turner S, Palmer CN,  Tantisira KG, Burchard EG, Maitland-Van der Zee AH, Flores C, Potočnik U, Pino Yanes M. Identification of robo2 as a potential locus associated with inhaled  corticosteroid response in childhood asthma. J Pers Med. 2021 Jul;11(8):733. DOI:  10.3390/jpm11080733

OTRAS PUBLICACIONES REPRESENTATIVAS DE LOS ÚLTIMOS AÑOS:

  • Guillen-Guio B, Lorenzo-Salazar JM, González-Montelongo R, Díaz-de Usera A,  Marcelino-Rodríguez I, Corrales A, Cabrera de León A, Alonso S, Flores C. Genomic  analyses of human European diversity at the southwestern edge: isolation, African influence and disease associations in the Canary Islands. Molecular Biology and  Evolution. 2018 Dec;35(12):3010-3026. DOI: 10.1093/molbev/msy190
  • Barreto-Luis A, Pino-Yanes M, Corrales A, Campo P, Callero A, Acosta-Herrera M,  Cumplido J, Ma SF, Martinez-Tadeo J, Villar J, Garcia JGN, Carrillo T, Carracedo A,  Blanca M, Flores C. Genome-wide association study in Spanish identifies ADAM  metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 9 (ADAMTS9), as a novel  asthma susceptibility gene. Journal of Allergy and Clinical Immunology. 2016  Mar;137(3):964-6. DOI: 10.1016/j.jaci.2015.09.051 
  • Baez-Ortega A, Lorenzo-Diaz F, Hernandez M, Gonzalez-Vila CI, Roda-Garcia JL,  Colebrook M, Flores C. IonGAP: Integrative bacterial genome analysis for Ion  Torrent sequence data. Bioinformatics. 2015 Sep;31(17):2870-3. DOI:  10.1093/bioinformatics/btv283